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LivingDNA Subclade non trouvé.

aurelwedge
male
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Bonjour à vous tous, je m'appelle Wedge et je débute dans les analyses ADN. J'ai au préalable fait des recherches sur le net, et sur ce forum, mais je n'ai pas trouvé (encore) de réponses à une problématique.

Je me suis donc lancé il y a deux mois chez LivingDNA en suivant les conseils du site Eupedia. Il y a quelques jours j'ai eu le plaisir de recevoir mes résultats. Et à ma grande surprise concernant l'ADN mitchondriale. L' on m'indique l appartenance à l'halopgroupe H ( le plus commun en Europe) cependant pas de subclade.
J ai écrit chez LivingDNA., et ces derniers me disent que leur calculateur Orion n'est pas en mesure de me le donner ce subclade. Juste un H, je trouve ça un peu dure vu qu'ils proposent l'un des meilleurs services.
Avez-vous vous suggestions afin de m'aider ? Un calculateur tiers pourrait-il m'aider ?
Par avance merci de vos retours.

cai000040
cai000040
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Bonjour,
il semble qu'il y ait de nombreux Mt Haplogroup predictors dans lesquels vous pouvez télécharger vos données brutes :

https://isogg.org/wiki/MtDNA_tools

il se peut que vos données présentent des incohérences - réelles ou dues au test - qui rendent impossible la détermination.
L'ADN Mt est plus instable que le Y, avec des rétrogressions

Cordialement

aurelwedge
male
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Bonsoir Cai
Je vous remercie pour votre retour.
J'ai suivi votre lien et n'ai réussi qu'à utilisé le 1er de jameslick dont voici les 1ères lignes:


Found 16005 markers at 16005 positions covering 96.6% of mtDNA.


Markers found (shown as differences to rCRS):

HVR2: 263G
CR: 1438G 4769G 8860G 15326G
HVR1:


Best mtDNA Haplogroup Matches:

1) H

Defining Markers for haplogroup H:
HVR2: 263G
CR: 750G 1438G 4769G 8860G 15326G
HVR1:

Marker path from rCRS to haplogroup H:
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(5): 263G 1438G 4769G 8860G 15326G
Mismatches(1): 750A


2) H(C16291T)

Defining Markers for haplogroup H(C16291T):
HVR2: 263G
CR: 750G 1438G 4769G 8860G 15326G
HVR1: 16291T

Marker path from rCRS to haplogroup H(C16291T):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 16291T ⇨ H(C16291T)

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(5): 263G 1438G 4769G 8860G 15326G
Mismatches(1): 750A
Untested(1): 16291

Dois-je en conclure que je n'aurais pas mieux ? Est- ce bien H sans subclade ?
Merci

cai000040
cai000040
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Bonjour,
deux hypothèses :
1. Il y a déjà 106 subclades sous H, et vous êtes peut-être la 107e ...
2. Il y a une anomalie dans le résultat de votre test.
Suivant votre degré d'implication, vous comparez vos résultats bruts à :
http://www.phylotree.org/tree/R0.htm
et/ou vous refaites un/des test/s Mt avec par exemple :
https://www.yseq.net/product_info.php?cPath=28&products_id=38289&osCsid=3683eb3029c6d4c45f109cbfac342b1f
https://www.yseq.net/product_info.php?cPath=28&products_id=38290&osCsid=3683eb3029c6d4c45f109cbfac342b1f
https://www.yseq.net/product_info.php?cPath=28&products_id=38291&osCsid=3683eb3029c6d4c45f109cbfac342b1f
En regardant ou les mismatch se trouvent.
Attention, yseq ne fait pas d'interprétation.
Cordialement

jerome4
male
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Bonjour,
Comme j'ai fait un "full" avec FTDNA mais aussi avec LivingDNA, je peux donc comparer les deux...

LivingDNA ne testent pas tout les SNPs, et problème, ils ne donnent que les positifs, c'est à dire qu'on ne peux pas savoir ce qu'ils ont testé! C'est très gênant! Il faudrait leur écrire pour leur demander la liste des marqueurs qu'ils testent!

Sur FTDNA, j'ai 36 mutations et sur Living seulement 20 (par rapport au rCRS, c'est à dire l'haplogroup H2a2a1).

Vos résultats sont exactement les résultats de l'haplogroup H, tout court!
Le 750G que vous n'avez pas parmi vos marqueurs est normal car LivingDNA ne le teste pas (je le sais car il fait parti aussi de mon haplogroup). Mais en principe, vous l'avait aussi.

Avec ces résultats, vous êtes donc H tout court. C'est tout à fait possible d'être seulement H. Cela veut dire que dans votre lignée maternel, il n'y aurait jamais eu de mutation depuis l'apparition de H.
Malgré tout, il faut que vous fassiez "un full/complete" pour en être sûr, car LivingDNA semble ne pas testé les marqueurs qui varient trop souvent, et qui peuvent se retrouver dans plusieurs haplogroupes différents. Mais ils peuvent être utiles parfois pour déterminer des sous-haplogroupes

aurelwedge
male
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Bonjour Messieurs
Je vous remercie de ces informations.

Si je suis vos suggestions ce serait de refaire un test...
Mais lequel me conseillez-vous ? Dois je renvoyer un échantillon de mon ADN ou juste envoyer à l' un des sites marchands mon fichier mt ?
Merci


jerome4
male
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Oui, il faut refaire un test, complet celui-là.
Vous n'avez en effet que deux choix possibles comme indiqué par Michel.

Mais avec FTDNA, vous aurez en plus les personnes qui matches avec vous.

aurelwedge
male
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Merci Cai cependant ça risque de piquer un peu juste pour avoir mon mt complet.
Je suis un peu échaudé vu que Living DNA a à mon sens une obligation de résultat.
Quoi qu'il en soit, je suis assez têtu (est ce lié à mes gènes ? Lol) . J'ai refait un test sur le site que vous m'avez envoyé et j'ai revu ligne par ligne et je pense avoir trouvé:

3) H2a2((A16235G))

Defining Markers for haplogroup H2a2((A16235G)):
HVR2: 263G
CR: 8860G 15326G
HVR1: (16235G)

Marker path from rCRS to haplogroup H2a2((A16235G)) (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ (16235G) ⇨ H2a2((A16235G)) ⇨ 1438G 4769G

Good Match! Your results also had extra markers for this haplogroup:
Matches(3): 263G 8860G 15326G
Extras(2): 1438G 4769G
Untested(0): 16235


3) H2a2

Defining Markers for haplogroup H2a2:
HVR2: 263G
CR: 8860G 15326G
HVR1:

Marker path from rCRS to haplogroup H2a2 (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 1438G 4769G

Good Match! Your results also had extra markers for this haplogroup:
Matches(3): 263G 8860G 15326G
Extras(2): 1438G 4769G

Je serais donc H2H2.
Qu'en pensez vous ?

cai000040
cai000040
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... H2a2
c'est tout à fait vraisemblable.
https://www.eupedia.com/europe/Haplogroup_H_mtDNA.shtml

H2a2
H2a2a: found throughout Europe

Cordialement

jerome4
male
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aurelwedge a écrit :
25 novembre 2018, 19:22
Merci Cai cependant ça risque de piquer un peu juste pour avoir mon mt complet.
Je suis un peu échaudé vu que Living DNA a à mon sens une obligation de résultat.
Quoi qu'il en soit, je suis assez têtu (est ce lié à mes gènes ? Lol) . J'ai refait un test sur le site que vous m'avez envoyé et j'ai revu ligne par ligne et je pense avoir trouvé:

3) H2a2((A16235G))

Defining Markers for haplogroup H2a2((A16235G)):
HVR2: 263G
CR: 8860G 15326G
HVR1: (16235G)

Marker path from rCRS to haplogroup H2a2((A16235G)) (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ (16235G) ⇨ H2a2((A16235G)) ⇨ 1438G 4769G

Good Match! Your results also had extra markers for this haplogroup:
Matches(3): 263G 8860G 15326G
Extras(2): 1438G 4769G
Untested(0): 16235


3) H2a2

Defining Markers for haplogroup H2a2:
HVR2: 263G
CR: 8860G 15326G
HVR1:

Marker path from rCRS to haplogroup H2a2 (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 1438G 4769G

Good Match! Your results also had extra markers for this haplogroup:
Matches(3): 263G 8860G 15326G
Extras(2): 1438G 4769G

Je serais donc H2H2.
Qu'en pensez vous ?
Non, je ne crois pas car H2a2a1 est la référence du rCRS.
Quelqu'un qui aurait aurait aucune mutation avec cette référence serait H2a2a1.
Vos mutations en "Extras" indiquent que vous n'êtes pas H2a2, car pour l'être, il ne faudrait pas les avoir!

C'est compliqué avec cette réfrénce rCRS, c'est pour cela qu'elle est vouée à dipsraître, remplacer par la référence RSRS pour Reconstructed Sapiens Reference Sequence. Où la référence est l'Éve mitochondriale...

aurelwedge
male
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Bonjour Jérôme
Et Zut..
Si je vous donne la séquence complète, pourriez vous m'aider à éclaircir celá ?

jerome4
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aurelwedge a écrit :
26 novembre 2018, 21:02
Bonjour Jérôme
Et Zut..
Si je vous donne la séquence complète, pourriez vous m'aider à éclaircir celá ?
Vos résultats sont cela:
HVR2: 263G
CR: 1438G 4769G 8860G 15326G

Non?

aurelwedge
male
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Oui Jérôme tout comme vous a priori.
[édit] bon c est vrai je les avais déjà mis :roll:

Quelles sont vos conclusions ? Nous avons le même ADN mt ?
Une séquence non testée par livingDNA ?
Avez vous les même résultats avec FTDNA ?

jerome4
male
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aurelwedge a écrit :
27 novembre 2018, 19:37
Oui Jérôme tout comme vous a priori.
[édit] bon c est vrai je les avais déjà mis :roll:

Quelles sont vos conclusions ? Nous avons le même ADN mt ?
Une séquence non testée par livingDNA ?
Avez vous les même résultats avec FTDNA ?
Non, pas du tout! Je n'ai pas celles-là! Je suis U4c1, donc rien à voir...

Comme je l'ai déjà dit, vos résultats sont exactement ceux de l'haplogroupe H! Donc, il n'y a pas à chercher plus loin.
La seule chose que vous devriez faire c'est demander à Living DNA, les marqueurs qu'ils n'ont pas testés, et voir parmi ceux-ci, si certains d'entre eux pourrait identifier un nouveau subclade. Si oui, un nouveau test, complet celui-ci et donc assez chère, est nécessaire. Sinon, vous êtes définitivement que H!

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