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[analyse] correspondances\matchs ADN: détection et prédiction des relations

treb15
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kama55 a écrit :
28 septembre 2018, 19:51
Bonjour,

Comme sisawayra, je ne connais pas mon père, il ne sais même pas que j'existe, donc aucune chance qu'il me cherche... J'ai effectué le test mitochondrial chez 23andme, et le test autosomal chez FTDNA. Je n'y connait rien, je découvre petit à petit...
Ma maman est décédée il y a quelques mois, et donc je ne peux pas faire son test pour en déduire la part qui viens de mon père.
J'ai réalisé une partie de l'arbre généalogique de ma mère, le côté maternelle, (j'attend l'acte de naissance de son père né en Tunisie... J'ai beaucoup de mal à l'obtenir... je ne suis pas douée parfois !) afin d'identifier les matches qui viennent de ce côté (quand la personne connait son arbre généalogique assez loin...)

J'en ai identifié 2 (côté maternel), dont 1 personne entre le 3ème et 5ème cousin ! Mais la tâche me semble extrêmement laborieuse...
Sur 23andme : 22 matches du 3ème au 4ème cousin + 440 matches du 5ème cousin à peut être...
Sur FTDNA : 5 matches du 3ème au 5ème cousin + 56 du 4eme à peut être..

Q1 : Avez vous eu l'occasion de vérifier si les correspondances 3émè à 5ème cousin étaient vérifiées ?
Q2 : Avez vous autant de matches?
Q3 : Me conseillez vous un autre test, qui aurait une meilleur base de donnée avec des personnes d'Afrique du Nord, Europe du sud (je suis un peu déçu du test 23andme qui me trouve 400 matches aux USA...)

J'ai aussi découvert les sites d'analyse de données ADN, GENOtation et GEDmatch.

Q4 : Qu'en pensez vous ?
Q5 : Un autre site a tester?

Mes données sont en cours de traitement sur GEDmatch depuis 1 mois et demi... ça tourne, tranquillement....
GENOtation je découvre aujourd'hui, j'ai un peu de mal a comprendre les résultats, il faut que je me plonge dedans...

Si une bonne âme peu m'apporter une ou plusieurs réponse... MERCI
Bonjour,

Voici quelques tentatives de réponses à vos questions...

Q1 : Pour ma part, c'est actuellement un projet en cours, mais cela risque de prendre du temps et surtout il faut essayer d'écarter les "faux positifs".
Voir le projet suivant pour ce faire une idée :

Image


Voir aussi : https://isogg.org/wiki/Cousin_statistics
Ancestor relationships - Company statistics.png
Ancestor relationships - Company statistics.png (11.33 Kio) Consulté 2915 fois
file_Cousin_relationships.jpg
Ancestor_relationships.jpg


Q2 : Oui mais attention aux disons "faux positifs" ...


Q3 : Je ne saurais vous conseiller un autre test, et vous invite à parcourir le forum et voir aussi sur internet dont
:arrow: https://dnatestingchoice.com/en-us/ancestry
:arrow: https://dna-explained.com/2017/04/24/which-dna-test-is-best/
:arrow: https://isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_testing_comparison_chart
:arrow: http://thednageek.com/dna-tests/
Dernière modification par treb15 le 20 janvier 2019, 11:50, modifié 1 fois.
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treb15
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Image
The Shared cM Project 3.0 tool v4 : https://dnapainter.com/tools/sharedcmv4


mchaffin a écrit :
07 octobre 2018, 19:01
je vois bien le tableau mais je ne comprend pas comment l' utiliser, les termes averages doit être les centimorgans mais Range signifie quoi ?
Le fait qu'une personne possède plusieurs segments identiques peut éventuellement laisser supposer une origine géographique commune, mais c'est tout! Comment cela est possible avec une telle distance entre nos arbres ?
Je rattache votre question ici car sur l'autre fil, il est question Haplogroup et matches de "cousins" or pour moi il faut faire la distinction entre les deux :!:


:arrow: Pour répondre à votre question :
Average est "une moyenne" en centimorgan (symbole cM)
Range (low-high) c'est la valeur basse et la valeur haute en centimorgan (symbole cM)
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Bonjour et merci treb15,
ok pour les tableaux, ce que je voudrais savoir : une personne m' a contacté pour me signaler une correspondance avec sa grand mère qui est au Portugal or le problème c' est que je suis en France et ni l' un ni l' autre n' avons d' ancêtres dans la même région !
Voici le résultat de Gedmatch :
Minimum threshold size to be included in total = 500 SNPs
Mismatch-bunching Limit = 250 SNPs
Minimum segment cM to be included in total = 7.0 cM

Chr Start Location End Location Centimorgans (cM) SNPs
7 55,129,505 70,638,550 7.3 1,648
8 22,706,303 29,721,425 11.0 2,154
12 124,557,937 127,482,672 10.5 1,076
Largest segment = 11.0 cM
Total of segments > 7 cM = 28.8 cM
3 matching segments
Estimated number of generations to MRCA = 4.5
Cela confirme un lien ou c' est une erreur ?

treb15
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mchaffin a écrit :
08 octobre 2018, 16:57
Bonjour et merci treb15,
ok pour les tableaux, ce que je voudrais savoir : une personne m' a contacté pour me signaler une correspondance avec sa grand mère qui est au Portugal or le problème c' est que je suis en France et ni l' un ni l' autre n' avons d' ancêtres dans la même région !
Voici le résultat de Gedmatch :
Minimum threshold size to be included in total = 500 SNPs
Mismatch-bunching Limit = 250 SNPs
Minimum segment cM to be included in total = 7.0 cM

Chr Start Location End Location Centimorgans (cM) SNPs
7 55,129,505 70,638,550 7.3 1,648
8 22,706,303 29,721,425 11.0 2,154
12 124,557,937 127,482,672 10.5 1,076
Largest segment = 11.0 cM
Total of segments > 7 cM = 28.8 cM
3 matching segments
Estimated number of generations to MRCA = 4.5
Cela confirme un lien ou c' est une erreur ?
1) Commençons par un peu de lecture :
http://smithplanet.com/stuff/gedmatch.htm (surtout après Some Definitions pour comprendre les termes et chiffres de vos données)
https://gengenaus.com/2017/03/25/gedmatch-generations/ (pour saisir le "concept" de MRCA)

2) Puis analysons vos données :
Total of segments > 7 cM = 28.8 cM
Estimated number of generations to MRCA = 4.5
Cela est disons très faible en cM et bien trop élevé en MRCA ...

Je citerais donc :
cai000040 a écrit :
06 octobre 2018, 12:57
Autant dire que c'est très hypothétique.
Mais vous avez probablement quand même des ancêtres de la même région à un autre horizon.


"concept" de MRCA :
Gen 1
Well, that’s easy – it’s always going to be a parent-child relationship

Gen 1.2
Oddly, this is always a sibling relationship

Gen 1.4
Half-sibling
Uncle ~ niece
Grandparent

Gen 1.5
Uncle ~ niece
This makes sense: the common ancestors for my uncle are his parents, which is 1 generation, but for me, his niece, it is my grandparents, 2 generations. Therefore, the Gedmatch Generation is calculated as being between 1 and 2 = 1.5

Gen 1.6
Uncle/aunt ~ niece/nephew
Grandparent

Gen 1.9
1C (first cousins), whose common ancestors are their grandparents, which is 2 generations

Gen 2.2
1C (first cousins)
1C1R (first cousins once removed)

Gen 2.3
1C1R (first cousins once removed)

Gen 2.5
1C1R (first cousins once removed)
Again, this makes sense: my cousin is a generation older than me, his grandparents, which is 2 generations, are my great-grandparents, which is 3 generations. Therefore, the Gedmatch Generation is calculated as being between 2 and 3 = 2.5

Gen 2.6
1C1R (first cousins once removed)
2C (second cousins)

Gen 2.9
2C (second cousins)

Gen 3.0
2C (second cousins)
This is the ideal scenario, with the common shared ancestors for me and my match both being 3 generations back.

Gen 3.3
2C1R (second cousins once removed)

Gen 3.5
2C1R (second cousins once removed)
Again, this makes sense: my second cousin is a generation older than me, her G-grandparents, which is 3 generations, are my GG-grandparents, which is 4 generations.Therefore, the Gedmatch Generation is calculated as being between 3 and 4 = 3.5
3C (third cousins)
2C2R (second cousins twice removed)
Here we have a case of our common ancestors being my G-grandparents, 3 generations, but these ancestors are my matches GGG-grandparents, 5 generations: a difference of two generations between me and my match

Gen 3.6
2C1R (second cousins once removed)
3C (third cousins)

Gen 3.7
2C1R (second cousins once removed)
3C (third cousins)
3C1R (third cousins once removed)

Gen 3.8
2C2R (second cousins twice removed)
3C (third cousins)

Gen 3.9
3C1R (third cousins once removed)

Gen 4.0
3C (third cousins)
This is the ideal scenario, with the common shared ancestors for me and my match both being 4 generations back.

Gen 4.1
2C1R (second cousins once removed)
2C2R (second cousins twice removed)
2C3R (second cousins three times removed)
This is quite an unusual because our shared common ancestors are my GGGG-grandparents, 6 generations back, but my match’s shared common ancestors are only his G-grandparents. That’s a difference of three generations, even though my match is just 10 years older than me! This is because I am descended from the eldest child of our common ancestor, but my match is descended from the youngest child, who was 25 years younger; and likewise my ancestors were the eldest of young parents, but my cousin’s parents and grandparents had children late in life, which resulted in this apparent shift of three generations even though me and my match are in the same present-day generation! Yes, just think about it for a moment 😀
3C1R (third cousins once removed)

Gen 4.2
2C1R (second cousins once removed)

Gen 4.3
3C (third cousins)

Gen 4.4
2C2R (second cousins twice removed)
3C (third cousins)
3C1R (third cousins once removed)
3C2R (third cousins twice removed)
4C (fourth cousins)
4C1R (fourth cousins once removed)
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cai000040
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mchaffin a écrit :
08 octobre 2018, 16:57
Cela confirme un lien ou c' est une erreur ?
Bonjour,
je pense qu'il faut être clair : il n'y a pratiquement aucune chance que vous partagiez un ancêtre commun à cet horizon de 4,5 générations (donc environ 130 ans).
Le sujet a déjà fait l'objet de l'échange de nos connaissances toutes relatives dès début 2014 :
https://www.geneanet.org/forum/viewtopi ... bd#p779913
Mais aussi de différents rappels, il suffit de faire une recherche avec "IBD" sur le forum.
Nous avons tous constaté que les matches de FTDNA et des autres sont très très optimistes. (Lire d'ailleurs les avertissements dans les FAQ)
Cordialement

mchaffin
mchaffin
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Merci pour vos réponses Treb15 et cai000040,
Bien cordialement,
Mickael

treb15
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eloa29 a écrit :
29 octobre 2018, 09:36
Bonjour,

Je suis née sous X et ne connaissais rien sur mes origines, ce qui m'a poussé à faire un test adn.
Quelle ne fut pas ma surprise hier lorsqu'un match m'a été indiqué comme faisant partie du cercle "famille proche" selon myheritage.
Ils estiment qu'il pourrait être mon grand-oncle, mon cousin germain ou cousin germain éloigné au premier degré.
Je l'ai contacté et il m'a déjà répondu ! Il semble disposé à répondre à mes questions et c'est là que j'ai besoin de l'aide de la communauté.
Il m'est difficile de faire cette gymnastique mentale lorsqu'on parle de lien de parentés, donc pour pouvoir poser à cette personne des questions précises, j'ai besoin de comprendre où chercher le lien, je n'avais rien jusqu'à hier et aujourd'hui je pense pouvoir commencer une enquête sur ma famille d'origine.
Donc, il se peut qu'il soit l'enfant d'un frère ou sœur de mon père ou ma mère biologique, jusqu'à là ça va. Pour grand-oncle j'ai déjà plus de difficulté à comprendre. Autre élément qui peut aider à situer, j'ai 37 ans, lui la quarantaine et sa mère 85 ans.
Selon vous, et à partir de ces informations, quelles seraient les questions pertinentes que je pourrais lui poser ? Quelles hypothèses puis-je émettre?
match MyHeritage - eloa29.png

Bonjour eloa29,

Merci pour votre partage fort intéressant et surtout jolie chance d'avoir un match inattendu significatif :!:

Pour tenter de comprendre où chercher le lien, voir ci dessus l'image de The Shared cM Project.

Néanmoins, il sera pas aisé de déterminer la liaison...
Si je vous lis bien, cette personne qui a donc 10,2 % d'ADN (soit 725,5 cM) partagé avec vous est un homme et sa mère encore vivante à 85 ans.

L'idéale serait si c'est possible que vous-même, lui ainsi que sa mère (voir un oncle paternel ou un cousin côté paternel) effectue aussi un test ADN afin de déterminer si la liaison vient du côté de son côté paternel ou maternel.
Je vous conseillerais ainsi la société 23andMe pour ces futurs tests ;)


Sinon pour le côté généalogie classique, si vous aviez la possibilité d'obtenir son arbre généalogique ou du moins des éléments vous permettant de l'établir.
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eloa29
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Merci Treb15, pour votre réponse.
En quelques semaines j'ai eu énormément d'indices qui m'ont mené à l'hypothèse que ce match serait du côté paternel, je m'explique;

- J'ai une page facebook "Née sous X en 1981" où une femme m'a contactée se présentant comme la belle fille de ma potentielle mère. Tout concorde, date de naissance, hôpital et j'ai vu des photos de cette femme...c'est très ressemblant jusqu'aux dents du bonheur! Elle a fait un test ADN, on attend les résultats. Cette femme qui est née en 1963 ne connait pas le nom de famille de la mère de mon match mais elles sont du même village en Algérie.

- Nous avons téléchargé nos fichiers dans gedmatch et il se trouve que nous avons une correspondance sur le chromosome X, alors si j'ai bien compris le principe, je dois rechercher un ancêtre en commun dans sa lignée maternelle puisque c'est un homme.
Alors en reprenant les infos que j'ai et les âges je me suis imaginée que la mère de mon match (85 ans) pourrait être ma grande tante, que ses soeurs auraient eu des fils et que parmi ces fils pourraient se trouver mon père.
J'émets cette hypothèse par rapport au MRCA de gedmatch: 2.1.
Pensez vous que mon raisonnement est logique?

- En faisant mes recherches par rapport au nom de jeune fille de la mère de mon match j'ai retrouvé et contacté 1 nièce et 1 neveu qui portent le même nom qu'elle. La nièce est partante pour le test ADN, est-ce que ça vaut la peine de demander au neveu d'en faire un également?

Résultats one to one gedmatch:

- Autosomal : Largest segment = 92.8 cM
Total of segments > 7 cM = 739.5 cM
25 matching segments
Estimated number of generations to MRCA = 2.1

- X: Largest segment = 48.0 cM
Total of segments > 7 cM = 60.5 cM Actual.

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fifilangelez a écrit :
13 janvier 2019, 22:25
Bonsoir,
Je n'ai essayé que MyHeritage et pour les cousinages, je regarde la longueur des segments. On vous annonce un cousinage au deuxième ou troisième degré. Je ne sais pas si votre question se posait au niveau de la place de ces cousinages dans l'arbre généalogique. Si c'est le cas, je joins un schéma de MyHeritage qui pourra vous servir ainsi qu'à ceux qui passeront sur le fil.


Image

...

Je vous lis attentivement pour prendre de la graine.


Ces éléments liés aux "cousinages" auront plus leurs places ici ;)
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Bonjour,
lessacam a écrit :
27 avril 2019, 11:02
J'en ai profité pour tester si mes parents étaient liés (car j'ai trouvé un lien sur mon arbre généalogique sur la 8eme génération) mais d'après gedmatch il n'y a aucun lien adn entre eux :oops:

Le lien généalogique est celui-ci : https://gw.geneanet.org/lessacam?lang=fr&iz=49&m=RL&p=louis+marie+antoine&n=compiegne&l1=7&i1=41&l2=7&i2=40.

Par curiosité, les tests ont été effectués via la même compagnie :?:
Il devrait tout de même y avoir un faible pourcentage ressortant via les correspondances de cette compagnie.


Kitty Cooper, joueuse de bridge américaine et généalogiste amateur, en fournit un exemple éloquent avec son analyse du génome de Brynne Gallup : le génome de la grand-mère maternelle, Karen, ne représente que 23,5 % du génome de Brynne quand celui de Brenda, la grand-mère paternelle, en représente 25,7 %. Les différences s'accentuent encore pour les arrière-grands-parents : Brynne ne doit que 9,8 % de son patrimoine génétique à Darrell, le père du père de son père, contre 14,5 % provenant de Gladene, la mère du père de son père. Par conséquent, les résultats des tests génétiques d'un frère et d'une sœur pourront présenter des différences substantielles et contre-intuitives.

Image
Arbre généalogique de Brynne Gallup et composition ancestrale de ses chromosomes (d'après les données présentées par Kitty Cooper).

Le détail de la mosaïque génétique démontre comment des segments entiers d'ADN terminent aux oubliettes : le chromosome 7 maternel est ainsi intégralement hérité de Harlan, le père de la mère de la mère de Brynne. Sur ce chromosome, la trace et l'histoire des trois autres arrière-grands-parents maternels est bel et bien perdue. Au fil des générations, les ancêtres finissent donc par quitter le patrimoine génétique, plus précisément, la moitié d'entre eux disparaît sur une dizaine de générations (250 ans).

La généalogie génétique ne peut donc prétendre rendre compte exhaustivement des racines de quelqu'un, seules seront présentes celles qui auront résisté aux caprices de la recombinaison.
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L' équipe Facebook de DNA Detectives a conçu un graphique qui classe les relations en groupes en fonction des quantités attendues d'ADN partagé.
DNA-Detectives-Autosomal-Statistics-Chart.png

Lorsque vous avez une correspondance dans une zone de chevauchement, la meilleure approche consiste à considérer d'abord le groupe le plus probable.
AncestryDNA’s Matching White Paper (31 March 2016) présente un graphique informatif (figure 5.2) qui montre la probabilité de chaque groupe (l'axe x ) compte tenu de la quantité d'ADN partagé (l'axe y ).
Leur graphique est basé sur des données simulées, plutôt que sur des données empiriques (réelles), mais tant que le modèle utilisé pour effectuer les simulations est raisonnable, les données doivent être fiables.
AncestryDNA-Matching-White-Paper-Fig.-5.2-original.png


Malheureusement, ils ont utilisé une échelle logarithmique, qui est un grand économiseur d'espace mais intuitif pour personne.
Ils abusent également du mot «meioses» , confondant les gens qui ne connaissent pas le terme ainsi que ceux qui le sont.
Pour rendre les informations plus faciles à comprendre, voici le schéma avec les groupes du tableau précédant :
AncestryDNA-Matching-White-Paper-Fig.-5.2-edited-2.png


Figure 5.2 tirée du AncestryDNA’s Matching White Paper (31 March 2016) édité pour utiliser les groupes définis par le tableau "DNA Detectives".
Notez que les plages numérotées à droite du graphique marquent les régions où ce groupe est le plus probable, et non la plage complète pour ce groupe.
Par exemple, entre 200 cM et 340 cM, la relation la plus probable est le groupe E, mais la plage complète pour ce groupe est de 65 à 600 cM (voir ci-dessous).

La figure vous donne une idée visuelle de l'étendue des plages pour chaque groupe de relations et du chevauchement.
Il nous montre également quelles valeurs de centimorgan représentent un seul groupe possible; ce sont les zones le long de l'axe vertical y qui n'ont qu'une seule ligne colorée les traversant.
Entre environ 2400 cM et 3200 cM, la seule ligne est la bleue clair, moyenne pour le groupe A, et entre environ 1550 cM et 2000 cM, la seule ligne est la verte foncé pour le groupe B.
Il y a un court intervalle autour de 1000 cM qui peut être uniquement le groupe C, mais pour toutes les autres valeurs de centimorgan, plus d'un groupe de relations pourrait s'appliquer...

En raison de l'échelle logarithmique, le graphique est difficile à interpréter si vous êtes intéressé par une quantité spécifique de centimorgan.
Voici ainsi cela sous la forme d'un tableau :
AncestryDNAs-Figure-5.2-Table-of-probabilities-2-1.png


Cela nous donne donc une indication du groupe de relations le plus susceptible de s'appliquer à un match qui partage une quantité spécifique d'ADN.
Par exemple, une correspondance partageant 750 cM avec vous se trouve dans une zone de chevauchement, mais ils sont beaucoup plus susceptibles d'être dans le groupe C (probabilité p = 0,85, ou 85% de chances) que dans le groupe D qui se chevauchent ( p = 0,15, ou 15% de chance).
Bien sûr, les chiffres ne garantissent pas que le match est dans le groupe C, mais c'est là que je commencerais à chercher la correspondance.

source : https://thednageek.com/the-limits-of-predicting-relationships-using-dna/
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