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comprendre les résultats de mon test ADN

Forum sur la généalogie génétique
lnbertin22
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Merci bcp ! Oui j avzis vu ce lien, et malgré tt je n y arrive pas... Message d erreur... Grrrr ça m énerve ! La poisse
lnbertin22
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😂 Oui je vais essayer 😊
treb15
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fifilangelez a écrit : 14 août 2019, 21:04 D'après ce que j'ai lu sur un autre poste, LivingDNA ne fournirait pas les données ADN brutes
-> https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=613943&p=1456325#p1456325

Décidément...

Pour précisions, avec LivingDNA, on a bien les données brutes des chromosomes 1 à 22 et X mais pas pour Y et Mt où l'on a qu'une liste de SNP positifs contrairement à 23andMe qui fournit toutes les données brutes.

Les deux sociétés fournissent les haplogroup Y et Mt mais je reste sans réponse pour comparer la précision de ceux-ci, n'ayant pas effectué moi-même un test chez LivingDNA...
Modérateur bénévole

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.
jerome4
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Voici les marqueurs testés par 23andMe sur les deux gènes: HLA-DQB1 et HLA-DQA1

Genes Marker (SNP) Genomic Position Variants
HLA-DQA1 rs2187668 32605884 C or T
HLA-DQA1 rs9272535 32606756 A or G
HLA-DQA1 rs2284189 32607396 C or T
HLA-DQA1 rs9272723 32609427 C or T
HLA-DQA1 rs9272869 32610743 A or G
HLA-DQA1 rs9272888 32610790 G or T

HLA-DQB1 rs1063355 32627714 G or T
HLA-DQB1 rs2854275 32628428 A or C
HLA-DQB1 rs9274312 32632097 A or G

Vous pouvez cherchez ces marqueurs dans votre raw data, ou directement sur le site de 23andMe.
Sur le site de 23andme, c'est plus simple, sur la page de recherche (même page que pour télécharger votre raw data),
vous cherchez par le nom des gènes (HLA-DQB1 et HLA-DQA1), et vous avez directement les marqueurs correspondants avec vos genotypes)

Ensuite, vous cherchez ces marqueurs rs, sur snpedia.com, pour savoir quel variant est à risque.
A noter, qu'il arrive parfois qu'il existe un problème de compatibilité dans le nom des allèles.
J'ai cherché la page du rs2187668: https://www.snpedia.com/index.php/Rs2187668
Pour SNpedia, les variants sont A ou G et 23andMe, les variants sont C ou T.
Il faut que je cherche les correspondance...
Dernière modification par jerome4 le 18 août 2019, 18:10, modifié 1 fois.
jerome4
male
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Oui, j'ai trouvé.
Donc lorsqu'il y un différence dans le nom des nucleobase (A, C, G, T) entre snpedia et 23andMe:
G<-->C et A<-->T
pauvert
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Pour rappel, le forum n'est pas destiné à la recherche d'éventuelles maladies génétiques. Les médecins sont là pour ça.

Merci donc de ne pas dévier.
jerome4
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Finalement, j'avais eu un rapport sur cette maladie héréditaire. Mon risque est très légèrement inférieur à la moyenne européenne.


Je l'avais eu car je me suis fait testé il y a longtemps chez 23andMe, et à l'époque ils donnaient les rapports pour les clients français.

Je l'ai en pdf, je vous donne les 4 marqueurs qu'ils ont utilisé, sur plusieurs gènes:

rs2187668 (HLA-DQA1),
Celiac Disease occurs only in people with certain versions of an immune system protein called HLA-DQ. HLA proteins are encoded by a set
of genes on chromosome 6. Together the genes are referred to as the "HLA region." Proteins from the HLA family are involved in the
immune system's recognition of invaders. They are responsible for presenting bits of foreign proteins to immune cells and triggering the cells
to attack.
Functional HLA proteins are actually composed of two component proteins, each encoded by a separate gene. HLA-DQ is comprised of
DQalpha and DQbeta. There are many possible versions of each of these sub-proteins of HLA-DQ. To be susceptible to Celiac Disease a
person has to have HLA-DQ proteins made up of a particular combination of DQalpha and DQbeta protein types. The HLA-DQ proteins with
the combinations that can lead to Celiac Disease are called HLA-DQ2 and HLA-DQ8.
HLA-DQ2 and HLA-DQ8 proteins have structures that differ from HLA-DQ proteins made up of other versions of DQalpha and DQbeta. The
altered structures of HLA-DQ2 and HLA-DQ8 allow them to bind to gluten. If gluten in the small intestine comes into contact with immune
cells displaying HLA-DQ2 or HLA-DQ8 on their surface, the immune system is activated, leading to the symptoms of Celiac Disease.
Within HLA-DQ2 and HLA-DQ8 there are further distinctions of subtypes, some with more or less risk for Celiac Disease. Traditionally,
HLA-DQ proteins have been detected using blood tests that look at proteins, not genes. These tests can pick up all subtypes of HLA-DQ
proteins associated with Celiac Disease. 23andMe is not able to provide data about all subtypes of HLA-DQ2 and HLA-DQ8. We only report
data on one subtype of HLA-DQ2. Of all the risky HLA-DQ subtypes, this subtype, called HLA-DQ2.5, is most often associated with Celiac
Disease.


rs6822844 (4q27 region),
This SNP is located near two genes – IL2 and IL21. Each gene encodes a protein involved in regulating immune cells. Studies have
implicated both of these proteins in intestinal inflammatory diseases other than celiac disease.



rs6441961 (3p21 near CCR3),
This SNP is not located in any known gene, but the region contains a number of genes that are related to the immune response. These
genes, including the closest gene CCR3, encode chemokine receptors, a class of proteins that bind to molecules known as chemokines.
Chemokines play important roles in regulating the movement of white blood cells and, along with their receptors, have been implicated in
several diseases.
Multiple studies have identified this SNP to be associated with celiac disease in populations with European ancestry. This SNP has not been
studied in populations with Asian or African ancestry.
Citations
Coenen MJ et al. (2009) . “Common and different genetic background for rheumatoid arthritis and coeliac disease.” Hum. Mol. Genet.
18(21):4195-203.
Dema B et al. (2009) . “Association of IL18RAP and CCR3 with coeliac disease in the Spanish population.” J. Med. Genet. 46(9):617-9.

rs9851967 (3q28 near LPP)
This SNP is located near a gene called LPP, which encodes a protein involved in cell adhesion and is expressed in very high amounts in the
small intestine. However, very little is known about its potential role in the development of celiac disease.
Multiple studies have identified this SNP to be associated with celiac disease in populations with European ancestry. This SNP has not been
studied in populations with Asian or African ancestry.
Citations
Hunt et al. (2008) . “Newly identified genetic risk variants for celiac disease related to the immune response.” Nat Genet 40(4):395-402.
cai000040
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treb15 a écrit : 14 août 2019, 07:02
cai000040 a écrit : 12 août 2019, 21:43 J'ai posé la question à Yseq si il pouvaient faire le test de ces SNP en simple. J'attends la réponse Ce serait 17€ 15,35€ chaque si oui. (Donc x3) + échantillon (3€)
Chez FTDNA c'est environ le double (si possible)
Cordialement
Je serais intéressé par la réponse de Yseq d'effectuer un test de SNP "sur mesure".
Mais je doute que FTDNA le font.
Et la réponse est positive :

The comments for your order are

rs11803731, rs17646946, rs7349332 are available at YSEQ now.
Thanks for your suggestion.

Currently these markers are not in our online catalog. Please contact YSEQ for your order.
Thanks.


J'avais posé la question via "Wish a SNP", donc je me demande comment quelqu'un (Sophie) pourrait commander. Peut-être en référence à leur réponse par mail. Mais j'ai l'impression qu'elle a jeté l'éponge.
cai000040
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... je suis rassuré !
Vous vous souvenez quel était le but d'analyser ces trois SNP ?
treb15
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@cai000040

Je vous remercie pour ce retour d'information, je n'avais pas fait attention à "Wish a SNP" ;)
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treb15
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jerome4 a écrit : 14 août 2019, 11:54
treb15 a écrit : 14 août 2019, 11:43
autant aller faire un vrai test MTDNA à FTDNA.
Ou pourquoi pas l'équivalent chez Yseq :arrow: https://www.yseq.net/index.php?cPath=28

P.S. : https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=622319&p=1497014#p1496983
Yseq fait des tests et c'est tout!

Ftdna, propose des matches avec des personnes de leur bases.

De toute façon, les tests "full mtdna" sont identiques quelque soit l'endroit où vous le faîtes.
Il n'y a pas d'interprétation à avoir: votre haplogroupe sera le même n'importe où vous le ferez!
Je suis relativement d'accord...

MAIS à titre d'exemple, pour le Paternal Haplogroup, pour ma part, Yseq est plus précis que FTDNA Big Y 500, ce qui peut aussi avoir de l'intérêt :!:

Pour le Maternal Halpogroup, je ne peux me prononcer actuellement...
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cai000040
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Bonjour Sophie,
si vous voulez suivre la piste des cheveux via des tests dédiés chez Yseq, passez une commande de kit(s) de prélèvement (2,61€ chaque) et copiez-collez le message reçu de leur part dans les commentaires. Ils vous donneront le tarif et les précisions nécessaires.
https://www.yseq.net/product_info.php?cPath=26&products_id=225&osCsid=953ad835f26357bcbdb9a45e42525682
Cordialement
pthobie
pthobie
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Bonjour fifilangelez,

Dans la quête de connaissance de soi, il faut voir deux aspects :
- 1 - d'où venons nous, qui étaient nos aïeux,
- 2 - ais-je des cousins plus ou moins proches.

Deux aventures bien différentes, si la première trouvera sa réponse dans les résultats de laboratoires divers et variés, la seconde nécessitera la besace du généalogiste et son bâton de pèlerin pour partir à la rencontre des "Z'autres" et là c'est une sacrée partie qui s'annonce.
cai000040
cai000040
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fifilangelez a écrit : 26 août 2019, 15:16 ... Comme les 3 tests sont uniquement pour moi, un seul kit est nécessaire ...
Bonsoir Sophie,
très heureux que le contact se soit bien passé.
j'avais cru comprendre que vous vouliez également faire le test pour vos parents, d'où les trois kits.
Cordialement
treb15
male
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fifilangelez a écrit : 17 septembre 2019, 22:41 Bonsoir,

J'ai reçu mes résultats. Maintenant, il me faut les interpréter. J'en ai fait testé 3 et je vois une pertinence inconnue ( what is that ?)
Voici la première explication rapide par mail :

Quick results summary:
rs11803731 A/A (straighter hair)
rs17646946 G/G (no straighter curl)
rs7349332 C/C (straighter hair; common)
rs1496037 A/G (unknown relevance)

Sur le site, j'ai plus de détails :

Image

Très honnêtement, je n'y comprends rien. Si vous pouvez m'éclairer... ?

Bonjour,

Je ne connais pas le SNP rs1496037 mais il est présent via les tests ADN chez MyHeritage (ancienne version), AncestryDNA mais pas chez 23andMe v5.
Je vous invite à poser la question directement à Yseq ;)


Pour les autres SNP's :

:arrow: rs11803731
https://opensnp.org/snps/rs11803731
https://www.snpedia.com/index.php/Rs11803731
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs11803731
https://www.selfdecode.com/snp/rs11803731/

:arrow: rs17646946
https://opensnp.org/snps/rs17646946
https://www.snpedia.com/index.php/Rs17646946
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs17646946
https://www.selfdecode.com/snp/rs17646946/

:arrow: rs7349332
https://opensnp.org/snps/rs7349332
https://www.snpedia.com/index.php/Rs7349332
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs7349332
https://www.selfdecode.com/snp/rs7349332/


fifilangelez a écrit : 18 septembre 2019, 18:30 J'ai cru au travers de ce message qu'Ysec faisait une analyse très simple sans explication ce qui m'embêtait un peu depuis le début. Du coup, comme je ne m'en sortais pas, il a bien fallu que je fasse une liste de mes nombreuses questions :arrow: j'ai reçu la réponse dans la foulée. Finalement, ça va le faire.
Pas facile les discussions croisées :?
Que voulez-vous dire :?: Je ne vous saisie pas :?

P.S. : En effet, vous auriez dû écrire votre propre fil de discussion au lieu d'écrire à la suite de ceux d'autres membres ;)
Modérateur bénévole

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