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comprendre les résultats de mon test ADN

fifilangelez
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lnbertin22 a écrit :
14 août 2019, 10:03
Bonjour à tous, je n ai toujours pas réussi à valider ma commande sur 23&me, je jete l éponge. Je reste bloquée à la toute dernière étape... Du coup je me dis que je vais tenter avec ftdna pour connaître mon haplogroupe, il me semble que c est aude qui me l a conseillé. Parcontre j hésite entre le mt classique à 80 euros, ou celui à 149 euros. Y a t il une grande différence entre les 2? En faisant ce test avec eux, aurai je de nouvelles données brutes (j ai celles de my heritage), que je pourrai exploiter également sur les calculateurs ? Ou est ce que ça cible vraiment que l haplogroupe. Désolée ma question est peut être bête lol mais j y connais pas grand chose. 😊
Merci !
Ha voilà, j'ai enfin fini par trouver. A voir si vous trouvez une réponse à votre problème. Descendez bien jusqu'en bas de la première page, il y un lien intéressant.
-> https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=565619

lnbertin22
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Merci bcp ! Oui j avzis vu ce lien, et malgré tt je n y arrive pas... Message d erreur... Grrrr ça m énerve ! La poisse

fifilangelez
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Et avec un autre explorateur ?
Oups ! Exploreur :lol:

lnbertin22
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😂 Oui je vais essayer 😊

fifilangelez
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jerome4 a écrit :
14 août 2019, 11:32
Living dna ne fait pas le test complet de l'adn mitochondrial mais propose un test de base, qui est compris avec le test autosomal, avec le chromosome y.
L'inconvénient de My heritage, c'est qu'ils ne font pas l'ADN mitochondrial, donc quelqu'un qui n'a jamais fait de test devrait commencer par un autre test qui fait les 3: chromosome y, Mtdna et autosomal.

Mais si comme vous, vous avez déjà un test autosomal, autant aller faire un vrai test MTDNA à FTDNA.
Surtout que livingdna ne donne pas des résultats très probant dans l'autosomal!
D'après ce que j'ai lu sur un autre poste, LivingDNA ne fournirait pas les données ADN brutes
-> https://www.geneanet.org/forum/viewtopi ... t#p1456325

Décidément...

treb15
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fifilangelez a écrit :
14 août 2019, 21:04
D'après ce que j'ai lu sur un autre poste, LivingDNA ne fournirait pas les données ADN brutes
-> https://www.geneanet.org/forum/viewtopi ... 5#p1456325

Décidément...

Pour précisions, avec LivingDNA, on a bien les données brutes des chromosomes 1 à 22 et X mais pas pour Y et Mt où l'on a qu'une liste de SNP positifs contrairement à 23andMe qui fournit toutes les données brutes.

Les deux sociétés fournissent les haplogroup Y et Mt mais je reste sans réponse pour comparer la précision de ceux-ci, n'ayant pas effectué moi-même un test chez LivingDNA...

annedem
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Bonjour,

J'ai fait un test ADN sur 23andme afin d'avoir des informations uniquement sur mes origines. Or, ma curiosité m'a dirigé vers la question des prédispositions aux maladies.
Je voulais savoir si avec les data raw nous pouvions localiser des gènes spécifiques de prédispositions aux maladies où si les informations indiquées ne permettent pas cela?
Je voulais savoir spécifiquement si je suis porteuse du gêne prédisposant à la maladie coeliaque (bien que je sache que le fait de l'avoir n'implique pas le développement de la maladie). Il est indiqué sur les documents scientifiques ce sont ces allèles HLA-DQ2 et HLA-DQ8 qui sont codées par les gênes HLA-DQB1 et HLA-DQA1 qui semblent être en cause.
Est-ce donc possible de trouver HLA-DQ2 ou DQ8 à partir de Raw data?

Merci pour avance pour vos réponses.

Anne

jerome4
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Voici les marqueurs testés par 23andMe sur les deux gènes: HLA-DQB1 et HLA-DQA1

Genes Marker (SNP) Genomic Position Variants
HLA-DQA1 rs2187668 32605884 C or T
HLA-DQA1 rs9272535 32606756 A or G
HLA-DQA1 rs2284189 32607396 C or T
HLA-DQA1 rs9272723 32609427 C or T
HLA-DQA1 rs9272869 32610743 A or G
HLA-DQA1 rs9272888 32610790 G or T

HLA-DQB1 rs1063355 32627714 G or T
HLA-DQB1 rs2854275 32628428 A or C
HLA-DQB1 rs9274312 32632097 A or G

Vous pouvez cherchez ces marqueurs dans votre raw data, ou directement sur le site de 23andMe.
Sur le site de 23andme, c'est plus simple, sur la page de recherche (même page que pour télécharger votre raw data),
vous cherchez par le nom des gènes (HLA-DQB1 et HLA-DQA1), et vous avez directement les marqueurs correspondants avec vos genotypes)

Ensuite, vous cherchez ces marqueurs rs, sur snpedia.com, pour savoir quel variant est à risque.
A noter, qu'il arrive parfois qu'il existe un problème de compatibilité dans le nom des allèles.
J'ai cherché la page du rs2187668: https://www.snpedia.com/index.php/Rs2187668
Pour SNpedia, les variants sont A ou G et 23andMe, les variants sont C ou T.
Il faut que je cherche les correspondance...
Dernière modification par jerome4 le 18 août 2019, 18:10, modifié 1 fois.

jerome4
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Oui, j'ai trouvé.
Donc lorsqu'il y un différence dans le nom des nucleobase (A, C, G, T) entre snpedia et 23andMe:
G<-->C et A<-->T

pauvert
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Pour rappel, le forum n'est pas destiné à la recherche d'éventuelles maladies génétiques. Les médecins sont là pour ça.

Merci donc de ne pas dévier.
Modérateur bénévole des forums. Je ne réponds pas aux sollicitations par messagerie concernant la modération et les demandes d'aide qui peuvent l'être via le forum, d'avance merci.

fifilangelez
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fifilangelez a écrit :
14 août 2019, 14:50
lnbertin22 a écrit :
14 août 2019, 10:03
Bonjour à tous, je n ai toujours pas réussi à valider ma commande sur 23&me, je jete l éponge. Je reste bloquée à la toute dernière étape... Du coup je me dis que je vais tenter avec ftdna pour connaître mon haplogroupe, il me semble que c est aude qui me l a conseillé. Parcontre j hésite entre le mt classique à 80 euros, ou celui à 149 euros. Y a t il une grande différence entre les 2? En faisant ce test avec eux, aurai je de nouvelles données brutes (j ai celles de my heritage), que je pourrai exploiter également sur les calculateurs ? Ou est ce que ça cible vraiment que l haplogroupe. Désolée ma question est peut être bête lol mais j y connais pas grand chose. 😊
Merci !
Ha voilà, j'ai enfin fini par trouver. A voir si vous trouvez une réponse à votre problème. Descendez bien jusqu'en bas de la première page, il y un lien intéressant.
-> https://www.geneanet.org/forum/viewtopi ... 0&t=565619
Je ne sais pas où vous en êtes avec 23andMe. Avez-vous complètement abandonné ?
Maman est à fond dans le truc mais j'ai préféré limiter la commande à 2 kits pour le moment. Donc mes grands-parents vont pouvoir faire connaissance avec le crachoir de 23andMe :lol:

J'ai lu partout qu'il fallait faire la commande sur le CHROME donc en bonne élève, je m’exécute. Chou blanc par deux fois. Je redémarre le PC : c'est pareil pfft ! Je retourne donc sur Mozilla, je ne déclenche pas le traducteur pour éviter tout trouble non indispensable et hop !
C'est donc bon pour ma commande.
A suivre pour le reste.

jerome4
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Finalement, j'avais eu un rapport sur cette maladie héréditaire. Mon risque est très légèrement inférieur à la moyenne européenne.


Je l'avais eu car je me suis fait testé il y a longtemps chez 23andMe, et à l'époque ils donnaient les rapports pour les clients français.

Je l'ai en pdf, je vous donne les 4 marqueurs qu'ils ont utilisé, sur plusieurs gènes:

rs2187668 (HLA-DQA1),
Celiac Disease occurs only in people with certain versions of an immune system protein called HLA-DQ. HLA proteins are encoded by a set
of genes on chromosome 6. Together the genes are referred to as the "HLA region." Proteins from the HLA family are involved in the
immune system's recognition of invaders. They are responsible for presenting bits of foreign proteins to immune cells and triggering the cells
to attack.
Functional HLA proteins are actually composed of two component proteins, each encoded by a separate gene. HLA-DQ is comprised of
DQalpha and DQbeta. There are many possible versions of each of these sub-proteins of HLA-DQ. To be susceptible to Celiac Disease a
person has to have HLA-DQ proteins made up of a particular combination of DQalpha and DQbeta protein types. The HLA-DQ proteins with
the combinations that can lead to Celiac Disease are called HLA-DQ2 and HLA-DQ8.
HLA-DQ2 and HLA-DQ8 proteins have structures that differ from HLA-DQ proteins made up of other versions of DQalpha and DQbeta. The
altered structures of HLA-DQ2 and HLA-DQ8 allow them to bind to gluten. If gluten in the small intestine comes into contact with immune
cells displaying HLA-DQ2 or HLA-DQ8 on their surface, the immune system is activated, leading to the symptoms of Celiac Disease.
Within HLA-DQ2 and HLA-DQ8 there are further distinctions of subtypes, some with more or less risk for Celiac Disease. Traditionally,
HLA-DQ proteins have been detected using blood tests that look at proteins, not genes. These tests can pick up all subtypes of HLA-DQ
proteins associated with Celiac Disease. 23andMe is not able to provide data about all subtypes of HLA-DQ2 and HLA-DQ8. We only report
data on one subtype of HLA-DQ2. Of all the risky HLA-DQ subtypes, this subtype, called HLA-DQ2.5, is most often associated with Celiac
Disease.


rs6822844 (4q27 region),
This SNP is located near two genes – IL2 and IL21. Each gene encodes a protein involved in regulating immune cells. Studies have
implicated both of these proteins in intestinal inflammatory diseases other than celiac disease.



rs6441961 (3p21 near CCR3),
This SNP is not located in any known gene, but the region contains a number of genes that are related to the immune response. These
genes, including the closest gene CCR3, encode chemokine receptors, a class of proteins that bind to molecules known as chemokines.
Chemokines play important roles in regulating the movement of white blood cells and, along with their receptors, have been implicated in
several diseases.
Multiple studies have identified this SNP to be associated with celiac disease in populations with European ancestry. This SNP has not been
studied in populations with Asian or African ancestry.
Citations
Coenen MJ et al. (2009) . “Common and different genetic background for rheumatoid arthritis and coeliac disease.” Hum. Mol. Genet.
18(21):4195-203.
Dema B et al. (2009) . “Association of IL18RAP and CCR3 with coeliac disease in the Spanish population.” J. Med. Genet. 46(9):617-9.

rs9851967 (3q28 near LPP)
This SNP is located near a gene called LPP, which encodes a protein involved in cell adhesion and is expressed in very high amounts in the
small intestine. However, very little is known about its potential role in the development of celiac disease.
Multiple studies have identified this SNP to be associated with celiac disease in populations with European ancestry. This SNP has not been
studied in populations with Asian or African ancestry.
Citations
Hunt et al. (2008) . “Newly identified genetic risk variants for celiac disease related to the immune response.” Nat Genet 40(4):395-402.

annedem
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Merci pour les réponses.

Jerome4, vous m'apportez des informations précieuses merci.

Pauvert, je vous prie de m'excuser pour ce post, je ne poserai plus de questions concernant les prédispositions.

Anne

cai000040
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treb15 a écrit :
14 août 2019, 07:02
cai000040 a écrit :
12 août 2019, 21:43
J'ai posé la question à Yseq si il pouvaient faire le test de ces SNP en simple. J'attends la réponse Ce serait 17€ 15,35€ chaque si oui. (Donc x3) + échantillon (3€)
Chez FTDNA c'est environ le double (si possible)
Cordialement
Je serais intéressé par la réponse de Yseq d'effectuer un test de SNP "sur mesure".
Mais je doute que FTDNA le font.
Et la réponse est positive :

The comments for your order are

rs11803731, rs17646946, rs7349332 are available at YSEQ now.
Thanks for your suggestion.

Currently these markers are not in our online catalog. Please contact YSEQ for your order.
Thanks.


J'avais posé la question via "Wish a SNP", donc je me demande comment quelqu'un (Sophie) pourrait commander. Peut-être en référence à leur réponse par mail. Mais j'ai l'impression qu'elle a jeté l'éponge.

fifilangelez
fifilangelez
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cai000040 a écrit : ↑
J'avais posé la question via "Wish a SNP", donc je me demande comment quelqu'un (Sophie) pourrait commander. Peut-être en référence à leur réponse par mail. Mais j'ai l'impression qu'elle a jeté l'éponge.
Qui a jeté l'éponge ? Vous ne parlez pas de moi quand même ! Ha bha que non je n'ai pas jeté l'éponge si c'est de moi qu'il s'agit. Par contre, c'est un peu du chinois le site d'Ysec, le niveau est super élevé et je suis complètement à la ramasse mais je n'avais absolument pas envie d'abandonner mes recherches. Seulement, j'ai des capacités limitées :?

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