Données Brutes MyHeritage - Chromosome Y

[pthobie]

Bonjour !
Comment fait-on pour obtenir ce beau tableau, je n'ai pas trouvé sur isogg.org ?

Voici la liste de tes SNP positifs :

Merci d'avance, je sens que je vais progresser (lentement mais sûrement) !

Cousin Hub38, c'est assez simple pour qui veux bien se donner la peine...
Il faut en premier lieu constituer une base de données dite de référence, en copiant/collant les informations présentes sur les fichiers de référence 2018 de l'ISOGG, pour les haplogroupes de A à T, ici : https://isogg.org/tree/
Ensuite, tu constitue un petit programme à l'aide du langage informatique de ton choix, afin de comparer un à un les marqueurs Y présent dans ton fichier de raw-datas avec ceux de la base de référence.
Lorsqu'un marqueur est trouvé, il faut encore comparer le variant, c'est à dire la forme de ton génotype avec celle de la variation.
Exemple, si le marqueur est de la forme G pour toi, et que la base précise une variation de C vers G, alors tu le considérera comme positif, en outre si la base précise une variation de G vers C, alors il sera négatif et tu passera à la comparaison du marqueur suivant.
Comme ça prend un certains temps, voir un temps certain, c'est là l'intérêt de connaître quelques langages informatiques appropriés pour bâtir ton programme afin de gagner du temps, ressource de plus en plus rare de nos jours, et comme disent les anglo-saxons, Time is money.
Voilà, c'est aussi simple que cela.

[cousinhub38]

Fectivement, ça a l'air hyper simple, je vais m'y atteler de suite, hi hi !
Merci pour les infos,
HP

[treb15]

Pour en revenir au cas (mac489zzz) présent, pour ma part et de par mon expérience, je confirme R-Z278 pour son Paternal Haplogroup.
L132.2 est un "faux positif" comme cela fût pour mon cas et d'autres rencontrés

Je suis au regret de te contrarier, Treb15, l'attribution du Z278 plus que du L132.2 est un simple parti pris, rien ne permet à ce stade de confirmer ou d'infirmer au delà du P310, donc l'une ou l'autre des 2 voies restent possible en l'état.
Dire que l'un ou l'autre est un faux positif est impossible en l'état.
Comme Treb15 se propose, je vous invite tous massivement à lui faire vos demandes de travaux plutôt qu'à moi, et 'est gratuit. Merci pour votre compréhension, mon temps est précieux.
A+

pthobie, pas de souci, chacun son point de vue à ce sujet.
Je suis d'accord avec toi sur le fait qu'en étudiant la positivité des SNP des données brutes, nous ne pouvons parler de certitudes mais néanmoins de part mon cas personnel et d'autres croisés à ce jour, je penche fortement pour mon choix

Ceci pour rappeler qu'étudier la positivité des SNP à partir des données brutes ne peut garantir un Paternal Haplogroup dit final mais seulement (le cheminement vers) le Paternal Haplogroup lisible via les SNP positifs et testé par la source des données brutes
c.f. : https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=607616&p=1425753#p1425753

Bonjour !
Comment fait-on pour obtenir ce beau tableau, je n'ai pas trouvé sur isogg.org ?

Voici la liste de tes SNP positifs :

Merci d'avance, je sens que je vais progresser (lentement mais sûrement) !

Cousin Hub38, c'est assez simple pour qui veux bien se donner la peine...
Il faut en premier lieu constituer une base de données dite de référence, en copiant/collant les informations présentes sur les fichiers de référence 2018 de l'ISOGG, pour les haplogroupes de A à T, ici : https://isogg.org/tree/
Ensuite, tu constitue un petit programme à l'aide du langage informatique de ton choix, afin de comparer un à un les marqueurs Y présent dans ton fichier de raw-datas avec ceux de la base de référence.
Lorsqu'un marqueur est trouvé, il faut encore comparer le variant, c'est à dire la forme de ton génotype avec celle de la variation.
Exemple, si le marqueur est de la forme G pour toi, et que la base précise une variation de C vers G, alors tu le considérera comme positif, en outre si la base précise une variation de G vers C, alors il sera négatif et tu passera à la comparaison du marqueur suivant.
Comme ça prend un certains temps, voir un temps certain, c'est là l'intérêt de connaître quelques langages informatiques appropriés pour bâtir ton programme afin de gagner du temps, ressource de plus en plus rare de nos jours, et comme disent les anglo-saxons, Time is money.
Voilà, c'est aussi simple que cela.

Je propose ainsi gratuitement mon aide mais me réserve le droit de donner suite ou non...
Et bien évidement, toute autre personne peut comme très généreusement expliqué par pthobie, établir son propre petit programme et proposer aussi gratuitement son aide

[cousinhub38]

Je suis à la recherche de volontaires "MyHeritage" qui pourraient me fournir le copier/coller des lignes Y présentes dans leur fichier de données brutes

Pour info, LivingDNA ne m'a pas donné la liste des rsid,
j'ai uniquement un fichier excel en format csv de marqueurs par ordre alphabétique, voici le début des 480 lignes :
A1366
A6549/Y16450
B181
BY13512/PH1911
BY2821
BY2829
BY5261/FGC14557
BY56
BY898/Y12060
BZ3013
CTS10006/L1257/M3375/PF3272
CTS10089/M3576/PF3038
CTS1010/PF2848
CTS1013/M3242/PF2849
CTS1029/M3456/PF2850
CTS10393/M3379/PF3041
CTS10449/M3381/PF3273
CTS10721/M3611
CTS10945/M3206
CTS11075/M795/PF6078
CTS11228/M3618
...

[treb15]

Ce qui est vrai pour le P310, mais faux pour le Z278, car il se trouve aussi le L132.2 qui mène sur une autre piste.
Comme je l'ai déjà dis, il est impossible de trancher après le P310, les 2 voies sont possible et l'absence d'autres marqueurs ne permet pas de trancher.
Je remarque cependant que ma démarche de formation n"a pas été vaine.

Une dernière question, R1b-CTS12074 est inférieur ou supérieur à R1b-Z278?.

Plutôt que vous donnez une réponse directe, voici une des démarches possible pour effectuer cette recherche :

1) allez sur https://yfull.com/search-snp-in-tree/
2) rechercher le SNP CTS12074
3) rechercher le SNP Z278
4) vous obtiendrez un "étonnant" résultat

[cousinhub38]

Etonnant également : à qq lignes plus bas, à Y-19591, il y a un TMRCA de 150 ybp !
Soit vers 1870.

[pthobie]

Bonjour fifilangelez,
Malheureusement non, Chez MyHeritage, comme vous êtes une femme, l'analyse de l'ADN mitochondrial n'est pas effectué et ne figure pas dans vos données brutes, vous n'y trouverez que l'autosome et vos 2 X.
Pour les hommes, cependant, les données brutes contiennent 489 marqueurs Y qui peuvent faire l'objet d'une étude pour déterminer l'haplogroupe Y le plus probable.

[treb15]

Bonjour,

Vos échanges sont très techniques et je n'y comprends pas grand chose
Enfin, je me donne du mal mais probablement qu'il faut que ça infuse

J'ai fait récemment un test chez Myeritage et ils ne donnent pas l''haplogroupe. Il y existe un moyen de le connaitre via les données brutes ?

Bonjour Pthobie,
Merci pour votre message.
Mais papa a fait le test aussi !! Donc on peut le connaitre ?

Bonjour,

Effectivement, si votre papa a aussi effectué un test ADN chez MyHeritage, en fournissant vos données brutes en privé, avec un petit programme maison, je suis en mesure de vous indiquez (le cheminement vers) le Paternal Haplogroup de votre père et donc à priori le votre par la même occasion

P.-S. : Il suffit de m'envoyer vos lignes de données brutes via "Envoyer un message" de ma page-contact.

[treb15]

Bonsoir. je voulais faire le test d'ADN et je me suis précipité un peu en fonçant sur celui qui faisait le plus de pub. Myhéritage.....
très très sommaire comme résultats et en plus surprise pas d'halogroupes ! bon c'est fait. Gedmatch m'a redonné un peu le moral.
Je ne comprends pas comme obtenir halogroupe. j'ai bien essayé la méthode de pthobie plus haut mais je n'y arrive pas. il me faudrait une video ou un logiciel....help;

Bonjour,

Suite à notre échange en privé et (au cheminement vers) votre Paternal Haplogroup

FTDNA dû fait de leur politique très commerciale, n'indique pas loin de là, le Paternal Haplogroup "final" si je peut le nommé de la sorte... sauf à tâtonner en achetant des tests de SNP supplémentaires ou à acheter le test bigY.


A titre de comparaison 23andMe v5 actuellement (qui est évolutif sans surcoût à ce jour à partir du test initial) et surtout Yseq sont bien plus précis pour le Paternal Haplogroup.
Yseq est même plus précis que le big Y de FTDNA pour le Paternal Haplogroup.

Pour Yseq, le test correspondant à votre recherche, si vous le souhaitez, sera le suivant : https://www.yseq.net/product_info.php?currency=EUR&cPath=27&products_id=16349

FTDNA reste plus précis pour le Maternal Haplogroup vis à vis de 23andMe. (pour Yseq je ne peux me prononcer n'ayant pas encore effectué ce test chez eux, peut-être prochainement...).

[cai000040]

Pour Yseq, le test correspondant à votre recherche, si vous le souhaitez, sera le suivant : https://www.yseq.net/product_info.php?currency=EUR&cPath=27&products_id=16349

Bonjour,
pour ce test, prendre l'option : Optionally include all possible Downstream Panels for only $59!
(see options at the bottom of the page)
+ 50,49€

Cordialement

[pstmartin]

Bonjour à tous.

Je suis un peu béotien en la matière et j'avoue être un peu perdu pour analyser le fichier de données brutes MyHeritage.
Il y a en particulier une chose que je ne comprends vraiment pas.
Pour les chromosomes autosomaux (1-22) je comprends que chaque ligne me donne un SNIP et que les deux bases en dernière colonne représentent les valeurs pour chacun des allèles (père et mère ou mère et père, on ne connait pas l'ordre).
En revanche j'ai plus de mal pour interpréter cette colonne lorsqu'il s'agit du chromosome X ou du chromosome Y ? Comment peut-on avoir deux valeurs d'allèles pour chacun de ces chromosomes ? Je précise que je suis un homme et que donc je devrais avoir hérité mon X de ma mère et mon Y de mon père.

J'ai dû manquer qqchose. Merci à qui pourra m'aider à clarifier ce point.

Manifestement mon sujet n'intéresse personne. Ou alors je dois être trop béotien pour ce forum.
Merci quand même.

[cai000040]

Bonsoir,
je vais peut-être découvrir quelque chose, mais il me semble que vous avez hérité de la totalité du chromosome Y de votre père.
A noter que les SNP du chromosome Y analysés par MyHeritage sont peu nombreux.
Cordialement

[cai000040]

Bonjour,
Il y a deux pistes :
1. le chromosome Y qui vous donnera votre lignée patrilinéaire : le début vous sera donné par :
https://ytree.morleydna.com/extractFromAutosomal
Au delà, c'est le SNP final de votre arbre phylogénétique qui vous donnera une certaine idée de votre origine patrilinéaire. (Voir yseq.net)
2. Pour l'autosomal, c'est effectivement la comparaison entre le votre et celui de votre mère (quels tests ?) que vous ferez apparaitre celui de votre père (si différent). Je laisse le soin à d'autres intervenants d'expliciter ce qui a déjà été écrit.
Mais faites l'effort de vous familiariser avec le sujet.
Cordialement

[cai000040]

Bonjour,

une recherche sur la page P312 de yfull

https://www.yfull.com/tree/R-P312/

ne donne rien avec Z278 par contre avec S1217 qui en est le parent, on a un TMRCA de 4500 ybp

ça vous donne une idée.

De plus sur yfull, il existe un certain nombre de SNP sous S1217 avec un TMRCA jusqu'à 550 ybp.

Cordialement

[cai000040]

Bonsoir,

si on considère comme acquis que vous êtes Z278, ISOGG vous classe comme R1b1a1b1a1a2a1a1a1 dans sa version: 14.164 en date du 16 Septembre 2019.

donc successivement dans M253 (R1b) -> M269 (R1b1a1b) ->L23 (R1b1a1b1) -> L11 (R1b1a1b1a1a) -> P312 (R1b1a1b1a1a2) -> DF27 (R1b1a1b1a1a2a) -> ... -> Z278 (R1b1a1b1a1a2a1a1a1)
Vous noterez que je vous ai épargné les niveaux intermédiaires et que les graphiques d'Eupedia ne sont plus à jour.

YSC0001270 / CTS358 n'est repris ni par yfull ni par isogg, il faut probablement le considérer comme non significatif, Morley n'a peut-être pas intégré les mises à jour de isogg. Yfull précisant que son arbre est expérimental.

U152 est une branche parallèle à DF27 et donc ne correspond pas à Z278.

Si vous souhaitez en savoir plus sur votre SNP final c'est un test comme celui de yseq.net qu'il vous faut :
https://www.yseq.net/product_info.php?currency=EUR&cPath=27&products_id=10749

Un test STR à ce niveau reste éventuellement prédictif. Il permet de d'identifier des relations contemporaines si il y en a dans la base des individus testés. Ayant fait ce test, (Y67), je n'en ai eu aucune.

Cordialement