Répondre

nouvelle version de Genome Mate Pro avec une interface relookée : "Genealogical DNA Analysis Tool"

Forum sur la généalogie génétique
houdinil
houdinil
Messages : 482
Saisie : Geneweb
Navigation : Fiche
Voir son arbre
roblu93 a écrit : 10 décembre 2020, 17:30 Bonjour,
J'ai intégré mon fichier ADN provenant de MyHéritage dans GENEANET. Avec votre logiciel j'obtiens de nouveaux "COUSINS".
J'ai intégré dans GENOME MAT PRO des données concernant les "COUSINS" provenant de MyHéritage et bien sûr j'aimerais y intégrer les "COUSINS" provenant de Geneanet. Avez vous une procédure pour extraire ces données?.
Pour mes Ancêtres, j'ai vu que je pouvais faire une sauvegarde en format .GED.
J'espère avoir été assez clair dans mes explications et avoir une réponse de votre part.
Cordialement.
Roblu93.
Bonjour,
Pour info (et à côté de la question !) il y a une nouvelle version de Genome Mate Pro avec une interface relookée : "Genealogical DNA Analysis Tool". Elle est en version bêta mais fonctionnelle. Le lien : https://sites.google.com/view/genealogical-dna-analysis-tool/home/download
La migration des profils de GMP se fait avec une application autonome "GMP to GDAT Conversion Program".
Cordialement,
Laurent (houdinil)
roblu93
male
Messages : 3
Saisie : Standard
Navigation : Arbre
Voir son arbre
Bonjour,
Je vous remercie pour la nouvelle version GMP avec sa nouvelle interface. Sa conversion s'est faite facilement. Un petit problème, les QUOTES ne sont pas acceptées (peut-être d'autres caractères?) Ex: Côte D'Or.
Cela ne me permet pas de récupérer mes "cousins" de Généanet mais je ne désespère pas.
Bonnes fêtes de fin d'année à tous.
Roblu93
houdinil
houdinil
Messages : 482
Saisie : Geneweb
Navigation : Fiche
Voir son arbre
Bonjour,

Je sais que GMAT a quelques problèmes avec les caractères diacritiques ou avec des alphabets non latins. Dans les préférences il y a dans la section "Control Settings" (à droite) une option "Allowed Characters in Relative Name" pour ajouter des caractères particuliers.
Dans votre cas vous indiquez qu'il y a un problème avec les guillemets (quotes). Est-ce à l'importation de gedcoms que vous avez ce problème ? Vous pouvez poser le problème sur le forum Facebook directement ou je peux le faire pour vous.

Cordialement,

Laurent (houdinil)
roblu93
male
Messages : 3
Saisie : Standard
Navigation : Arbre
Voir son arbre
Bonjour,
Le cas s'est présenté lors de l'importation de l'ancien système et se présente actuellement lors de l'édition d'une zone de l' écran Profile's Ancestors. je veux bien que vous le fassiez vous même , car je ne sais pas comment faire sous Facebook, voire même une explication pour le faire moi-même par la suite. Merci beaucoup.
ROBLU93
glopglop
glopglop
Messages : 3472
Saisie : Geneweb
Navigation : Fiche
Voir son arbre
roblu93 a écrit : 24 décembre 2020, 12:36 Bonjour,
Je vous remercie pour la nouvelle version GMP avec sa nouvelle interface. Sa conversion s'est faite facilement. Un petit problème, les QUOTES ne sont pas acceptées (peut-être d'autres caractères?) Ex: Côte D'Or.
Cela ne me permet pas de récupérer mes "cousins" de Généanet mais je ne désespère pas.
Bonnes fêtes de fin d'année à tous.
Roblu93
Il faudrait que geneanet mette a disposition la liste des correspondances comme le font les autres sites.
mais les outils ADN sur geneanet sont recent.
Esperons que cela soit dans une roadmap proche.
Developpeur du greffon GedcomforGeneanet pour GRAMPS
https://github.com/grocanar/glopgrampsaddons/tree/main/addons-source/GedcomforGeneanet
Telechargement https://github.com/grocanar/glopgrampsaddons/raw/main/addons/5.1/download/GedcomforGeneanet.zip
Sans aucun lien avec l'entreprise Geneanet que celui d’être un abonné premium comme les autres.
andreraphael
andreraphael
Messages : 14
Saisie : Geneweb
Navigation : Fiche
Voir son arbre
Bonjour à toutes et tous et meilleurs voeux.

Merci pour ce message qui m'a permit de découvrir ce soft, je m'initie à la généalogie génétique depuis quelques jours seulement et je trouve ce logiciel vraiment très bien fait.
Je parcours le forum pour comprendre un peu comment fonctionne tout ceci, mais j'avoue que constituer sa carte d'identité génétique avec ce logiciel est quelque chose de très intéressant.
J'espère que nous pourrons échanger régulièrement sur son utilisation.
cousinhub38
cousinhub38
Messages : 250
Saisie : Standard
Navigation : Fiche
Voir son arbre
Bonjour,
J'utilisais GMP sans trop de problème.
J'essaie maintenant GDAT, on s'y retrouve, mais je n'arrive plus à importer un nouveau "match" de gedmatch.
En fait, cela semble marcher, sauf qu'il n'importe rien.

J'ai bien rempli mon profile et mon "match key".
Je fais la copie de l'écran gedmatch "autosomal one-to-one comparison", Position only.
je colle dans GDAT et Okay.
Tout semble marcher, sauf que le résultat c'est zéro nouvelle entrée.
Je n'arrive pas à trouver ...
houdinil
houdinil
Messages : 482
Saisie : Geneweb
Navigation : Fiche
Voir son arbre
Bonjour,

Qu'indique le log à l'importation ?

J'ai eu un problème d'import comme vous pour Gedmatch en faisant le copier-coller. Après avoir posté sur le forum Facebook et en échangeant avec la conceptrice il y a un problème d'import lié à la présence d'espaces parasites et l'import fonctionne quand j'ai enlevé ces espaces pour les valeurs Start et End positions. Il faut aussi remplacer les virgules par des points au niveau des valeurs cM (je le fait pour ma part dans BBEdit sous macOS).
Dixit la conceptrice : elle ne peut rien y faire car elle filtre les chaines de caractères en format English US à l'import. Comme j'ai très peu de "matchs" sur Gedmatch cela n'est pas trop gênant pour moi.

Cordialement,

Laurent (houdinil)
cousinhub38
cousinhub38
Messages : 250
Saisie : Standard
Navigation : Fiche
Voir son arbre
Trop fort !
ça marche.
Il faut aussi enlever le parasite dans le nombre de SNP (si il y en a plus de 1000).
J'ai utilisé le blocnotes sous windows, mais l'espace parasite ne se voit pas trop bien, il faut savoir où il est.
Je n'ai pas eu de pb de . et de ,

Grand merci.
cousinhub38
cousinhub38
Messages : 250
Saisie : Standard
Navigation : Fiche
Voir son arbre
... Suite
La personne importée est correcte, le View Chromosome montre bien ses segments là où il faut avec la bonne longueur, j'ai mis la personne dans le groupe qui va bien.
Tout va bien, sauf le View Segment Map, où il n'apparaît pas, ni à gauche ni sur le graphique ...
houdinil
houdinil
Messages : 482
Saisie : Geneweb
Navigation : Fiche
Voir son arbre
cousinhub38 a écrit : 03 janvier 2021, 14:03 ... Suite
La personne importée est correcte, le View Chromosome montre bien ses segments là où il faut avec la bonne longueur, j'ai mis la personne dans le groupe qui va bien.
Tout va bien, sauf le View Segment Map, où il n'apparaît pas, ni à gauche ni sur le graphique ...
Pour le groupe il est bien sélectionné dans DNA Comparison -> Assign MRCA to Selected DNA Segment -> menu déroulant Select Profile Ancestor ?
cousinhub38
cousinhub38
Messages : 250
Saisie : Standard
Navigation : Fiche
Voir son arbre
Non je ne l'ai pas fait, mais :
- si je le fais, cela ne marche pas mieux,
- je ne pense pas l'avoir fait pour les autres personnes pour lesquelles ça marche,
- je ne comprends pas réellement ce que signifie " Select Profile Ancestor "
- je clique-bouton droit sur un segment et je fais "Mark side, MRCA and group for selected" pour affecter tous les segments au groupe (cela devrait revenir au même à ce que je comprends, mais pas sûr).

Mais vous avez raison, cela tourne autour de ça : le groupe a l'air bien affecté à la personne mais ne l'est pas réellement.
Je creuse ...
houdinil
houdinil
Messages : 482
Saisie : Geneweb
Navigation : Fiche
Voir son arbre
Il faut cliquer sur un segment commun dans la section "DNA Segments for nom_du_match" puis on sélectionne dans le menu "Select Profile Ancestor", juste au dessus, le couple parent de la personne du profil. On sauvegarde et normalement la case juste à droite va être renseignée automatiquement avec le couple dit MRCA.
On peut ensuite sélectionner avec un clic droit "Mark Side, MRCA and Group for Profile" pour renseigner automatiquement tous les segments.
Ces segments seront alors visibles dans la "Segment Map" !
cousinhub38
cousinhub38
Messages : 250
Saisie : Standard
Navigation : Fiche
Voir son arbre
OK merci, ça marche effectivement comme ça, et le "segment map" se peuple effectivement.
Mais ...
Le nom du groupe est fabriqué par GDAT à partir du nom du couple MRCA.
Du coup, si on fait la manip pour chaque "relative", on aura autant de groupes que de couples ayant enfanté les dits cousins, et je n'en vois pas l'intérêt.
Alors qu'avec Genome Pro, je m'étais arrangé pour avoir
4 groupes
: un groupe pour chacun de mes 4 grand-parents.

En plus, pour complexifier, il y a des Group et des "family Group" :
https://sites.google.com/view/genealogical-dna-analysis-tool/view-menu/relative/family-group-vs-group?authuser=0

Bon, suffit pour ce soir ...
cousinhub38
cousinhub38
Messages : 250
Saisie : Standard
Navigation : Fiche
Voir son arbre
Bonjour !
Qq soucis avec cette version de GDAT ...
1. Import d'un gedcom issu de Heredis impossible. J'ai été amené à utiliser un programme (visuged) pour l'importer et le ré-exporter. C'est absurde mais ça marche.
2. Import des segments de MyHeritage ne fonctionne pas : "Too few columns" à chaque ligne, alors que le test du template fonctionne bien. Si vous avez une idée ...
J'ai pu importer la liste des relatives de MH, mais du coup cela ne sert à rien.
J'ai pu aussi importer la liste des segments de 23andMe par exemple.
Répondre

Revenir à « ADN (généalogie génétique) »