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Utilisez des calculateurs d'admixture sur votre ordinateur

jerome4
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Bonjour,

Beaucoup sur ce forum se plaignent ou s’interrogent de leur composition ancestrale dévoilée par leur compagnie d'ADN.

Sachez que les résultats ne dépendent pas du test ADN effectué par le labo, mais par le calcul qui en est fait.
Et donc, vous pouvez avoir des résultats différents avec des méthodes de calculs différents.

C'est pour cela qu'il est intéressant d'avoir d'autres avis...

Il y a bien sûr gedmatch, mais si vous ne voulez pas envoyer votre fichier ADN, il y a une autre méthode: le faire sur son ordinateur.

Depuis longtemps, on peut le faire avec le logiciel R, mais cela peut paraître compliqué.
Explications en anglais ici: https://anthrogenica.com/showthread.php?4879-Tutorial-%96-How-to-use-DIY-calculator-files-and-oracle-data-sheets

Mais il existe depuis peu un logiciel qui permet de faire plus simplement. C'est Admixture Studio!

Et comme j'ai fais un nouveau calculateur dont l'objectif est de déterminer vos ancêtres récents, et j'ai fait un petit tuto (petit car c'est très simple)
Voir cette page: http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/explications.htm

Merci d'essayer ce calculateur ( Recent_Ancestors_V2) et de poster vos résultats et vos commentaires! :)


PS: Il existe RecentAncestorsV2 dans la liste proposée, mais il n'est pas à jour
EDIT: Maintenant il est à jour, vous pouvez donc le choisir directement dans la liste, sans télécharger les fichiers calculateurs à part...
Dernière modification par jerome4 le 09 avril 2019, 22:26, modifié 2 fois.

jerome4
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Donc voici les miens:
ra2.png

lukelucky
lukelucky
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Bravo..
un peu lent en effet (et même un peu plus)...
est-ce normal qu'il n'y aie pas une table oracle qui accompage..+?

voici le resultat...
issu de mes rawdata's donnés par My Heritage
avec comme resultat...15 origines contre 5 sur My Heritage...

cette nuit je lancerai la comparaison avec mes data's venant de 23&Me
luc
Tolan Rec Ancestor (MH).png

jerome4
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Merci Luc!

Oui, je sais, c'est très très long.
Il me semble quand même que c'est plus rapide avec R.

Résultats finalement assez logique!
Evidemment, il ne faut pas s'attendre à du 100% garantie!

Entre Wadden-Sea, la France d'un coté, et RU et Allemagne de l'autre, il y a bien la Belgique...

lukelucky
lukelucky
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Bonsoir Jerome,
puis-je savoir quelle est la base du découpage des 32 populations testées+?
je comprend pas tres bien quand tu me parles de lancer sous R;
de dois lancer R et la lancer comment je fais je dois y lancer admixture studio, je fais commant pour cela+?
et tant que j'y suis une 3e petite chose...il faudra un jour que tu expliques comment manipuler les PCA, et ce qu'ils peuvent nous apporter
merci
luc

trakkai57
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Bonjour,

Ma compagne, qui est chilienne, a récemment effectué un test via Myheritage.

Nous avons extrait les données brutes et fait quelques comparatifs via les calculateurs de Gedmatch.

Je viens de télécharger Admixture Studio, qui semble avoir davantage de calculateurs que Gedmatch.
Que me conseillez vous pour les personnes ayant des origines amérindiennes (44% selon Myheritage, et au moins 30% sur différents calculateurs Gedmatch).
J'ai vu qu'il y avait un certain nombre de calculateurs "spécialisés" (Europe, Asie, Afrique etc.), mais rien de bien probant concernant les "Native American).

Merci :)

cousinhub38
cousinhub38
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Bonjour !
J'ai donc utilisé Admixture Studio avec Recent_Ancestors_V2.
Cela marche bien, mais ajoute de la dispersion dans les résultats que j'avais déjà.
En effet j'avais déjà traité mes data (faits par LivingDNA) chez dna.land, MyHeritage, et genesis.gedmatch K36
Cela fait donc 5 analyses.
Très divergentes.
Par exemple :
Italie nord+sud : de 22 à 67 %
Espagne : de 2 à 19 %
Nord Atlantique, GB : de 0 à 30 %

Bref, trop de dispersion, je ne retiens rien de concordant.

leilah1
leilah1
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Bonjour !

J'ai tenter moi aussi, et malgré quelques doutes au début,
je doit avouer que ça corresponds totalement à mes résultats de FTDNA, et mes origines connues !

Y'a t'il un site qui détaille un peu les différentes populations ? :)
Pièces jointes
1-2.png

jerome4
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lukelucky a écrit :
11 avril 2019, 21:27
Bonsoir Jerome,
puis-je savoir quelle est la base du découpage des 32 populations testées+?
je comprend pas tres bien quand tu me parles de lancer sous R;
de dois lancer R et la lancer comment je fais je dois y lancer admixture studio, je fais commant pour cela+?
et tant que j'y suis une 3e petite chose...il faudra un jour que tu expliques comment manipuler les PCA, et ce qu'ils peuvent nous apporter
merci
luc
Avant que gedmatch n’intègrent des calculateurs, il fallait utiliser un programme, DIYDodecadWin.exe et le logiciel R.
Le mode d'emploi est ici:
https://anthrogenica.com/showthread.php?4879-Tutorial-%96-How-to-use-DIY-calculator-files-and-oracle-data-sheets

Ce n'est pas très compliqué, mais il faut savoir utiliser un ordinateur.

Je réalise en ce moment un nouveau calculateur, un k71 avec 54 composants européens. Comme il n'est ni sur gedmatch ni dans admixture studio, la seule solution actuelle, sera d'utiliser le DIYDodecadWin.exe avec le logiciel R.

msamuel6
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Quelqu'un pourrait m'expliquer plus en détail les procédés pour obtenir des calculs ? Sinon j'ai trouver il y a 2 mois un site qui s'appelle ethnogene et c'est de loin, selon moi le site le plus fiable ou j'ai pu effectuer un test ADN .
Aperçut avec mes résultats :
image.png

lessacam
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Bonjour,
J'ai testé Admixture studio suite à mes résultats de my héritage, et les résultats avec Recent Ancestors V2 me paraissent plutôt cohérents avec ma généalogie :
résultat Recent Ancestors V2.png
mais les résultats my héritage sont bizarres je trouve :
Anglaise 75,1%
Ibère 19,9%
Baltes 2,8%
Européenne de l'Est 2,2%

Qu'en pensez vous ?

Par contre j'ai normalement une branche bretonne, j'ai voulu tester Recent Ancestors Bretagne mais il ne marche pas :(

jerome4
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lessacam a écrit :
27 avril 2019, 11:15
Bonjour,
J'ai testé Admixture studio suite à mes résultats de my héritage, et les résultats avec Recent Ancestors V2 me paraissent plutôt cohérents avec ma généalogie :
résultat Recent Ancestors V2.png

mais les résultats my héritage sont bizarres je trouve :
Anglaise 75,1%
Ibère 19,9%
Baltes 2,8%
Européenne de l'Est 2,2%

Qu'en pensez vous ?

Par contre j'ai normalement une branche bretonne, j'ai voulu tester Recent Ancestors Bretagne mais il ne marche pas :(
Oui, il manque un fichier c'est pour ça...

Si vous actualisez admixture studio, il y a deux autres calculateurs TolanK54 et TolanK71 .
Avec Bretagne, Cotentin, Armorica, Rhone-Alpes, SW France et Basque pour la France.

Ces calculateurs ont énormément de composants, aussi cela peut prendre énormément de temps.
Même cela peut être interminable..
Aussi je conseille d'utiliser le mode progress au lieu de verbose. Car avec progress, les résultats défilent en permanence.
Et donc si vous arrêtez, vous n'aurez pas tout perdu, mais les résultats au moment de l'arret.
Les résultats ne seront pas dans visualization, mais dans Process Output

Pour faire cela, vous lancer admixture studio comme d'habitude, en sélectionnant votre raw data, et votre calculateur, puis vous cliquez sur run.
Laisser le temps à la machine de commencer, puis cliquez sur stop. Attendre un peu que le processus soit bien arrêter.
Allez dans l'onglet Configuration expert mode et dans Output Progress, choisir Progress et non Verbose.
Cliquez sur run pour re-démarrer le processus.

Si ensuite vous voulez être sur ces pages pour voir la carte:
http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pre/k71.htm
http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pre/all.htm

il suffit de mettre vos résultats K71 ici!

cousinhub38
cousinhub38
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il suffit de mettre vos résultats K71 ici!
ici, mais où ?-)

lessacam
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jerome4 a écrit :
27 avril 2019, 12:51
Si ensuite vous voulez être sur ces pages pour voir la carte:
http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pre/k71.htm
http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/pre/all.htm

il suffit de mettre vos résultats K71 ici!
Bonjour,

Je n'ai pas trop compris où il me fallait mettre les résultats mais j'ai fait le test K71 :
Component %
42-West-Brittany 6,6%
36-SW-England 6,35%
45-Cotentin 6,1%
51-NE-England 6,04%
52-Netherlands 5,97%
43-Rhone-Alpes 5,84%
44-Armorica 5,1%
35-Ireland 5%
54-Orcadia 4,47%
48-Baleares 4,24%
5-Belgium 4,12%
2-Denmark 3,75%
47-Basque 3,61%
41-South-Germany 3,24%
21-Tyrol_Austria 2,97%
53-Norway 2,88%
49-Spain 2,84%
13-Sardinia_Italia 2,49%
1-Sweden 2,07%
46-SW_France 2%
6-Piedmont_Italia 1,77%
40-North-Germany 1,5%
30-Germany_East 1,39%
7-Venezio_Italia 1,1%
16-Montenegro 0,79%
27-Norway_north 0,66%
37-Croatia 0,65%
3-North_Poland 0,61%
23-Hungary 0,57%
22-Slovakia 0,55%
8-Tuscany_Italia 0,52%
38-Serbia 0,51%
11-Corsica_France 0,42%
31-Ukraine_West 0,4%
4-Poland_Sudovia 0,37%
32-Russia_Kursk 0,33%
29-Belarusia_East 0,31%
50-Portugal 0,26%
39-Romania 0,24%
18-Thrace_Greece 0,22%
17-Albania 0,2%
15-Bulgaria 0,19%
9-Lazio_Italia 0,14%
33-Russia_Rostov 0,14%
34-Moldavian 0,12%
28-Estonian 0,11%
19-Peloponnes_Greece 0,07%
58-Caucasus 0,07%
14-Canary 0,04%
24-Finland_SW 0,04%
68-Pakistan 0,04%
10-Apulia_Italia 0,02%
12-Sicily_Italia 0,01%
20-Crete_Greece 0,01%

kai120
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Bonjour,
Ci-joint mes résultats, je suis 1/3 breton donc pour le k71 l'armorica corresponds mais le reste c'est un peu éloigné. Et il n'y a pas de catégorie pour certaines régions de France, c'est peut être pour cela qu'il y a de la Belgique et Rhône-Alpes, cela reste proche.
En tout cas merci de m'avoir fait découvrir ces outils.
Cordialement
Pièces jointes
recent_ancestor_v2.png
Tolan K71.png

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