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comprendre les résultats de mon test ADN

fifilangelez
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treb15 a écrit : ↑
Que voulez-vous dire :?: Je ne vous saisie pas
J'ai lu et mal interprété la phrase de Jérôme4 croyant qu'elle s'adressait à ma recherche :
Yseq fait des tests et c'est tout!
Je viens de m'apercevoir qu'elle n'avait rien à voir avec le test que cai000040 me proposait de faire. J'avais tout mélangé n'osant demander des précisions :oops:

Et oui, je suis bien d'accord, j'aurais dû créer un autre fil. Mais là encore, je n'ai pas osé puisque la discussion était déjà bien engagée ici et pour éviter de s'éparpiller.

Pour revenir à mes résultats, je colle ici mon échange avec Ysec :

Mes questions :
Bonjo‌ur,
Je vous remercie de votre proposition d'aide car je suis bien incapable de comprendre mes résultats. Je me permets d'échanger en français de peur de faire une mauvaise traduction
d'un langage génétique que je ne connais que trop peu.

Impossible de savoir quelle(s) allèle(s) ont été trouvées dans mon nature. Mon idée était de connaître la nature de mon cheveu qui n'est ni de type africaine ni occidentale ( d'après de nombreux coiffeurs qui peinent bien à me coiffer).
Que signifie le terme "ordered" dans le tableau des résultats ?
Que signifie l’abréviation "Chr" ?
Quelle signification donner à "R", "C", "A" et "G" ?
Que signifient "Start" et "End" ? S'il s'agit de la longueur du segment, le chiffre est identique dans chaque colonne donc je ne comprends pas non plus.
Sans compter l'allèle inconnue pour laquelle il n'y a pas plus d'explication (rs 1496037).

Croyez-moi désolée, mais sans un minimum d’explication, je ne peux lire mes résultats.
La réponse rapide d'Ysec :
Le résultat simple de l'analyse de l'ADN est que nous n'avons aucune preuve que vous ayez les cheveux bouclés. Vous avez donc très probablement les cheveux lisses. Ceci est juste de votre disposition génétique. Un coiffeur peut changer cela bien sûr.

Cela n'implique pas l'origine de votre coiffure. Vous savez peut-être que tous nos ancêtres sont originaires d’Afrique, si vous remontez dans le temps depuis plus de 60000 ans. Je ne sais pas si le style bouclé ou streight était le style original de nos ancêtres. Ce serait un projet de recherche différent.

Pour vos questions techniques:
Lorsque nous analysons un marqueur SNP, nous séquençons réellement une région d'environ +/- 200 bases autour du SNP que vous avez commandé. Nous marquons simplement tous les marqueurs connus sur la trace de séquençage. Dans la plupart des cas, ces marqueurs ne sont pas très utiles pour le candidat, mais ils peuvent dans de rares cas contenir des informations supplémentaires utiles. rs1496037 est un marqueur situé juste à côté de rs17646946 et nous avons observé une mutation de l'un de vos chromosomes. Nous l'avons donc signalée. Cela peut avoir une importance ou non dans les recherches futures. Nous ne voulons tout simplement pas ignorer cette information. Vous n'avez pas officiellement commandé rs1496037 et vous n'avez pas besoin de payer pour cela.

La table des allèles contient le nom du chromosome et la position sur le chromosome de ce marqueur. Ceci est juste pour que vous puissiez le trouver plus facilement dans un navigateur de chromosomes. L'allèle A / C / G / T est le nucléotide réel que nous avons observé. R est un code IUPAC pour A + G:
https://en.wikipedia.org/wiki/Nucleic_acid_notation

J'espère que ça aide,
A l'âge d'un an, j'avais effectivement le cheveu raide. Il a commencé à friser puis crêper sous les coups de ciseaux du coiffeur. Le terme de disposition génétique n'est pas encore très claire pour le moment. Pour la mutation du chromosome, je m'y attendais. Tout cela me parait cohérent au regard du test autosomal qui me donne des origines exclusivement occidentales.

Treb15, je vous remercie pour tous les liens communiqués. J'espère qu'en retour, je vous aurais donné quelques infos utiles. ;)

treb15
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fifilangelez a écrit :
18 septembre 2019, 22:17
Treb15, je vous remercie pour tous les liens communiqués. J'espère qu'en retour, je vous aurais donné quelques infos utiles. ;)

Merci en effet à vous, d'avoir partagé la réponse d'Yseq ;)


Malheureusement, il n'y a pas à quoi peut correspondre " plus concrètementement" le SNP rs1496037 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs1496037
Seulement que vous avez une mutation sur celui ci avec une allèle en G ...
Vous deviez déjà avoir cette information via votre test chez MyHeritage :?:


Sinon, au moins maintenant, vous avez une réponse vis à vis de votre questionnement sur vos cheveux :D

fifilangelez
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Je viens de regarder mes données brutes MyHeritage mais le SNP rs1496037 ne ressort pas.

Et oui, je suis super contente d'avoir une explication pour mes cheveux. Quant à la mutation, je trouverais peut-être sans chercher au hasard d'une lecture. D'après ce que vous m'écrivez, c'est une mutation génétique plutôt courante. Bizarre qu'on ne la retrouve pas plus que ça sur le net. Si elle est placée à côté du rs17646946 qui correspond à une cheveu frisé, c'est peut-être qu'il y a un lien ? Pourtant, Ysec reste sur sa réserve. Bon, je vais laisser infuser et je verrai bien ce que ça donne.

Enfin, ça me réconcilie un peu avec MyHeritage. De plus, la dernière fois que j'ai les ai eu au téléphone ils étaient devenus plus pros dans un français parfaitement parlé. J'avais eu la sensation désagréable d'avoir fait un test pour rien. A voir ce que ça donne chez 23andMe. Mes grands-parents maternels devraient recevoir leurs résultats dans 3 semaines. Une petite cousine du côté maternel doit également faire le test avec sa maman dans le même labo donc je pense que ça va devenir intéressant pour nous.

treb15
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fifilangelez a écrit :
19 septembre 2019, 00:23
Je viens de regarder mes données brutes MyHeritage mais le SNP rs1496037 ne ressort pas.
Vous avez un test MyHeritage nouvelle version :?:
Si oui, en effet le SNP rs1496037 n'y est plus présent.
c.f. :
treb15 a écrit :
18 septembre 2019, 19:05
Je ne connais pas le SNP rs1496037 mais il est présent via les tests ADN chez MyHeritage (ancienne version), AncestryDNA mais pas chez 23andMe v5.



fifilangelez a écrit :
19 septembre 2019, 00:23
Et oui, je suis super contente d'avoir une explication pour mes cheveux. Quant à la mutation, je trouverais peut-être sans chercher au hasard d'une lecture. D'après ce que vous m'écrivez, c'est une mutation génétique plutôt courante. Bizarre qu'on ne la retrouve pas plus que ça sur le net. Si elle est placée à côté du rs17646946 qui correspond à une cheveu frisé, c'est peut-être qu'il y a un lien ? Pourtant, Ysec reste sur sa réserve. Bon, je vais laisser infuser et je verrai bien ce que ça donne.
Bien au contraire, cette mutation vous a été signalé a titre gracieux par Yseq car elle est à priori peu courante...
Ce SNP rs1496037 n'est pas connu comme concernant les cheveux et le fait qu'il soit à proximité du SNP rs17646946 ne veut strictement rien dire non plus (la complexité de l'ADN...).

P.S. : c'est Yseq :)



fifilangelez a écrit :
19 septembre 2019, 00:23
Enfin, ça me réconcilie un peu avec MyHeritage. De plus, la dernière fois que j'ai les ai eu au téléphone ils étaient devenus plus pros dans un français parfaitement parlé. J'avais eu la sensation désagréable d'avoir fait un test pour rien. A voir ce que ça donne chez 23andMe. Mes grands-parents maternels devraient recevoir leurs résultats dans 3 semaines. Une petite cousine du côté maternel doit également faire le test avec sa maman dans le même labo donc je pense que ça va devenir intéressant pour nous.
A vous lire, je me demande toujours ce que vous pouviez bien "attendre" du test chez MyHeritage :?:
Certes, le test 3 en 1, de chez 23andMe est plus complet au niveau des données brutes et donne les haplogroupes pour ne parler que des résultats et non des interprétations...
J'espère pour vous, que cela répondra à vos "attentes" ;)

femuse
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<< cheveux très crépus >>
pthobie a écrit :
26 août 2019, 18:22
Dans la quête de connaissance de soi, il faut voir deux aspects :
- 1 - d'où venons nous, qui étaient nos aïeux,
.....
.... nécessitera la besace du généalogiste et son bâton de pèlerin....
c'est ce parcour que ma soeur a suivit pendant des annees pour eclaircir un mystere semblable dans notre famille:

finalement, elle a decouvert un mariage a la Guadeloupe en 1780, avec une "noire libre"
Cette ex-esclave a eu une fille qui s'est mariee en Gironde, et ..... etc ....
..... Du cote maternel-maternel de ma mere.

fifilangelez a écrit : .... me rassurer sur le fait que mes parents sont bien mes parents biologiques....

Le fait que ma mere etait la seule dans notre famille a avoir des cheveux très crépus, [toute sa vie elle les a fait redresser].
nous n'avions jamais doute que ses parents etaient ses parents biologiques. :)

Donc, il n'est pas necessaire de remonter a des milliers d'annees en Afrique pour trouver une raison aux cheveux crépus d'une femme a peau tres blanche, nee a Bordeaux.

La difference de parcour dont pthobie parle:
si nous avions trouve cela par test DNA, nous n' aurions pas trouve une "vrai" reponse, dans notre cas Jeanne , nee en 1760 a Port-Louis

fifilangelez
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treb15 a écrit : ↑

Vous avez un test MyHeritage nouvelle version :?:
Si oui, en effet le SNP rs1496037 n'y est plus présent.
c.f. :
treb15 a écrit :
18 septembre 2019, 19:05
Je ne connais pas le SNP rs1496037 mais il est présent via les tests ADN chez MyHeritage (ancienne version), AncestryDNA mais pas chez 23andMe v5.
fifilangelez a écrit :
19 septembre 2019, 00:23
Et oui, je suis super contente d'avoir une explication pour mes cheveux. Quant à la mutation, je trouverais peut-être sans chercher au hasard d'une lecture. D'après ce que vous m'écrivez, c'est une mutation génétique plutôt courante. Bizarre qu'on ne la retrouve pas plus que ça sur le net. Si elle est placée à côté du rs17646946 qui correspond à une cheveu frisé, c'est peut-être qu'il y a un lien ? Pourtant, Ysec reste sur sa réserve. Bon, je vais laisser infuser et je verrai bien ce que ça donne.
Bien au contraire, cette mutation vous a été signalé a titre gracieux par Yseq car elle est à priori peu courante...
Ce SNP rs1496037 n'est pas connu comme concernant les cheveux et le fait qu'il soit à proximité du SNP rs17646946 ne veut strictement rien dire non plus (la complexité de l'ADN...).

P.S. : c'est Yseq :)
Je crois que j'ai la nouvelle version puisque nous avons eu un échange sur les "faux Y" il y a seulement quelques jours. Donc une mutation rare comme le rs1496037 serait analysée dans la version actuelle d'ancestry. Encore mieux, on le retrouverait dans les anciennes versions de MyHeritage et 23andMe ? Je ne faisais que vous relire en essayant de vous comprendre.
treb15 a écrit : ↑
A vous lire, je me demande toujours ce que vous pouviez bien "attendre" du test chez MyHeritage
Toujours la même question qui revient.... Ne sommes-nous pas en droit d'attendre une interprétation aussi précise que celle vendue dans les opérations de communication ? Je ne trouve pas normal d'être obligée de décortiquer moi-même mes résultats.Voilà tout !

fifilangelez
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femuse a écrit :
19 septembre 2019, 01:54
<< cheveux très crépus >>
pthobie a écrit :
26 août 2019, 18:22
Dans la quête de connaissance de soi, il faut voir deux aspects :
- 1 - d'où venons nous, qui étaient nos aïeux,
.....
.... nécessitera la besace du généalogiste et son bâton de pèlerin....
c'est ce parcour que ma soeur a suivit pendant des annees pour eclaircir un mystere semblable dans notre famille:

finalement, elle a decouvert un mariage a la Guadeloupe en 1780, avec une "noire libre"
Cette ex-esclave a eu une fille qui s'est mariee en Gironde, et ..... etc ....
..... Du cote maternel-maternel de ma mere.

fifilangelez a écrit : .... me rassurer sur le fait que mes parents sont bien mes parents biologiques....

Le fait que ma mere etait la seule dans notre famille a avoir des cheveux très crépus, [toute sa vie elle les a fait redresser].
nous n'avions jamais doute que ses parents etaient ses parents biologiques. :)

Donc, il n'est pas necessaire de remonter a des milliers d'annees en Afrique pour trouver une raison aux cheveux crépus d'une femme a peau tres blanche, nee a Bordeaux.

La difference de parcour dont pthobie parle:
si nous avions trouve cela par test DNA, nous n' aurions pas trouve une "vrai" reponse, dans notre cas Jeanne , nee en 1760 a Port-Louis
Je vous remercie pour votre témoignage. Alors ça existe des familles qui acceptent la différence... ? Ça doit être sympa à vivre.
Pour ma part, j'aimerais avoir une explication afin que les gens arrêtent d'en donner une à ma place.
Ma mère et ma grand-mère, ayant très peu les pieds sur terre, ont toujours été passionnées d'ésotérisme. Dans une de leurs régressions, un charlatan leurs avait expliqué comment, dans une autre vie, nous avions été toutes les trois esclaves noires mortes noyées, attachées les uns aux autres dans un bateau qui partait en direction de je sais où. Ma mère racontait cette histoire partout ( elle le fait encore, malheureusement) ce qui déclenchait l'hilarité générale. C'est plutôt la honte qui qualifie ce que je ressens. Elle a également pensé qu'on avait pu m'échanger à la naissance. Bref ! J'en ai entendu. Un ou plusieurs "étrangers" peuvent très bien se nicher dans des branches de père inconnu ou derrière un enfant abandonné. J'ai besoin de m'approprier mon histoire, de lui donner un autre sens que celui cité plus haut. Mais chuuuut, faites comme si je n'avais rien écrit : ça m'occupe l'esprit et j'aime partir à la découverte de l'inconnu. Sur les forums, il arrive que l'on croise des gens un peu loufoques : et bien je suis de ceux-là.

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fifilangelez a écrit :
19 septembre 2019, 08:03
Je crois que j'ai la nouvelle version puisque nous avons eu un échange sur les "faux Y" il y a seulement quelques jours.
Les "faux Y" sont présents, en faite, dans tous les fichiers de données brutes des différentes compagnies (23andMe, AncestryDNA, MyHeritage ancienne et nouvelle version).
Seulement pour ma part, je n'avait pas eu la "pertinence" d'essayer d'exploiter le chromosome Y d'un fichier féminin :mrgreen:
Je n'aie aussi pas encore d'exemple à disposition, de fichier féminin via MyHeritage nouvelle version...

fifilangelez a écrit :
19 septembre 2019, 08:03
Donc une mutation rare comme le rs1496037 serait analysée dans la version actuelle d'ancestry. Encore mieux, on le retrouverait dans les anciennes versions de MyHeritage et 23andMe ? Je ne faisais que vous relire en essayant de vous comprendre.
Ce n'est pas à proprement une mutation qui est étudiée mais le SNP avec ses valeurs d'allèles :!:
Ainsi le SNP rs1496037 a pour valeurs d'allèles ancestrales AA (= A sur son allèle 1 et A aussi sur son allèle 2 = cellule homozygote).
Il existe trois possibilités de mutation au niveau des valeurs d'allèles soit AG (= A sur son allèle 1 et G sur son allèle 2 = cellule hétérozygote), GA (= G sur son allèle 1 et A sur son allèle 2 = cellule hétérozygote) ou GG (= G sur son allèle 1 et G aussi sur son allèle 2 = cellule homozygote).
Yseq vous indique R car vous êtes soit AG ou GA mais sans savoir, malheureusement, à quoi correspond ce SNP :(


fifilangelez a écrit :
19 septembre 2019, 08:03
treb15 a écrit : ↑
A vous lire, je me demande toujours ce que vous pouviez bien "attendre" du test chez MyHeritage
Toujours la même question qui revient.... Ne sommes-nous pas en droit d'attendre une interprétation aussi précise que celle vendue dans les opérations de communication ? Je ne trouve pas normal d'être obligée de décortiquer moi-même mes résultats.Voilà tout !
Désolé de vous "titiller" sur ce point, mais je me dis que cela pourra servir à d'éventuel(le)s lecteurs\lectrices :roll:

MyHeritage vend un test comprenant l'analyse ADN de certains SNP's (et non, très loin de là, le génome en entier...), l'accès à leur base pour des "correspondances ADN" et leur interprétation des origines ethniques.

Ainsi, les données brutes sont exactes, l'accès à leur base peut être pertinent ou pas (on ne peut savoir d'avance) et leur interprétation vaut ce qu'elle vaut... :arrow: le tout, pour le prix payé :!:

Je peux comprendre que leur interprétation vous concernant, ne vous convienne pas, mais cela ne remet pas en cause que MyHeritage fournit ce qu'il leur semble juste vis à vis de leur analyse et des informations en leur possessions...

fifilangelez
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Treb15,
Ce n'est pas à proprement une mutation qui est étudiée mais le SNP avec ses valeurs d'allèles :!:
Ainsi le SNP rs1496037 a pour valeurs d'allèles ancestrales AA (= A sur son allèle 1 et A aussi sur son allèle 2 = cellule homozygote).
Il existe trois possibilités de mutation au niveau des valeurs d'allèles soit AG (= A sur son allèle 1 et G sur son allèle 2 = cellule hétérozygote), GA (= G sur son allèle 1 et A sur son allèle 2 = cellule hétérozygote) ou GG (= G sur son allèle 1 et G aussi sur son allèle 2 = cellule homozygote).
Yseq vous indique R car vous êtes soit AG ou GA mais sans savoir, malheureusement, à quoi correspond ce SNP
Je ne vais pas tout pouvoir assimiler, ça me fait trop de choses à retenir. L'information étant à ma disposition, je vais archiver votre réponse pour y revenir plus tard
MyHeritage vend un test comprenant l'analyse ADN de certains SNP's (et non, très loin de là, le génome en entier...), l'accès à leur base pour des "correspondances ADN" et leur interprétation des origines ethniques.
Si MyHeritage parlait aussi bien que vous, il y aurait déjà moins de souci d'incompréhension.

fifilangelez
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Bonsoir,

Je viens faire une modif par rapport à rs1496037, je l'ai bien trouvé. Ysec l'écrit sans espace après "rs" et je l'avais recopié tel quel*. Forcément, le SNP n'avait pas été trouvé par Excel. Sinon, c'est bien "AG" la valeur de l'allèle.

Mes données brutes MyHeritage vont commencer à m'être utiles, chouette, chouette !!
Je commence à sortir de mes galères, ouf !

Merci Treb pour tous vos précieux conseils ;)
Voilà ce que j'attendais d'un test ADN : de la pertinence ! Quand les données peuvent se recouper, c'est franchement plus sympa. Après, il faudra lui trouver une correspondance. J'ai acheté La génétique pour les nuls qui devrait pouvoir m'aider à comprendre ce qu'est la valeur des allèles.
Bon ben je souffle un peu avec toutes ces bonnes nouvelles !

* en recommençant, avec ou sans espace n'est pas le problème. Je dois avoir une mauvaise utilisation d'Excel donc rien à voir c'est moi le souci.

hbelondra
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Bonsoir à Tous,
Je viens de recevoir les résultats de mon test ADN de MyHeritage, et je suis un peu surprise par certains résultats, Je précise que je suis une maman.

Ouest et nord-européenne 47,7%
Irlandaise, Écossaise et Galloise 3,6%
Ibère 44,3%
Juive ashkénaze 4,4%

Ayant fait mon arbre complet jusqu’à la 20em génération, je n'ai aucun ancêtre Irlandais, Écossais, Gallois, Espagnol, Portugais et aucun Juif ashkénaze, Alors gros ???
Pour les 44.3% d’ibérique, je pense que cela vient de ma branche de l'Ariège mais je trouve la proportion très importante

J'ai également chargé le RAW DATA
Au début du Raw DATA, il y a inscrit :
"Pour chaque SNP, nous fournissons l'identifiant, le numéro de chromosome, la position de la paire de base et le génotype.
Le génotype est rapporté sur le brin avant (+) par rapport à la référence humaine 37.", (qu est ce ca veut dire ???)

Donc si j'ai bien compris (je prends la 1ere ligne) rs547237130,"1","72526","AA"

rs547237130 = Identifiant SNP
1 = n° de chromosome
72526 = Position de la Paire de Base
AA = Génotype

Mais pour moi tout cela c'est du chinois

Je me tourne vers les spécialistes en génétique du forum pour avoir leur avis sur ces résultats

Je précise également comme d'autres femmes ici, j'ai également du Y à la fin.

J'ai téléchargé ces résultats sur gedmatch, je suis en attente des résultats

Merci par avance de votre aide conseils et avis car je suis vraiment novice et lignarde dans ce domaine

Bien cordialement et bonne soirée

jerome4
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Pour vos résultats, je pense que dans ce fil vous aurez réponse à votre question!
Bon, je résume:
1) Myheritage n'est pas le meilleur test pour sa composition ancestrale
2) Aucun test ADN ne pourra être juste à 100%, sauf si on vous décompose en zone continental. Ce ne sont pas forcément les test ADN qui sont en cause, mais le fait que c'est impossible de distinguer 100% de son génome entre zone géographique très proche comme le sont les pays européens.

"Le génotype est rapporté sur le brin avant (+) par rapport à la référence humaine 37":
Moi pas comprendre traduction google!

Pourrait-on avoir la phrase en anglais.
37 , j'imagine que cela fait appel à "build 37", c'est une sorte de génome référence.

Bon, inutile de rentrer dans les détails, les deux lettres sont vos résultats pour chaque allèle, l'un venant de votre père, l'autre venant de votre mère.
Il existe 4 lettres possibles (A,C,G,T) pour les 4 bases azotées de l'ADN, qui sont: l'adénine, la cytosine, la guanine, la thymine.
Cela peut peut-être vous rappeler quelques souvenir d'école...

hbelondra
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Bonjour Jerome4

Merci pour votre réponse très intéressante et détaillée, cela m'a beaucoup aidé.
Pour la zone continentale je suis 100% Europe (Désolée je ne peut plus faire de capture d'écran et l'envoyer ici)
Ce test était un cadeau donc je n'ai pas choisi le fournisseur, j'attends les résultats de gedmatch avec impatience, je comparerai et reviendrai ici, c'est passionnant l'ADN

Pour la phrase en anglais c'est

The genotype is reported on the forward (+) strand with respect to the human reference build 37.

Mais votre explication m'a bien satisfaite

Je vous souhaite un bon Dimanche
Bien cordialement à vous

cazalec
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Bonjour,

je viens de recevoir mes résultats MyHeritage et voilà ce que ça donne :

90,2 % Ibère
6,6 % Nord-Africain
1,2 % Juif Ashkénaze
1,2 % Nigérian
0,8 % Moyen-Oriental

J'ai ensuite fais un K36 sur Gedmatch ce qui m'a donné ceci :

Image

Je trouve que la proportion d'Ibère change beaucoup de l'un à l'autre, est-ce normal ?
On passe quand même de 90,2 % sur MyHeritage à 40,18 % sur le K36.
Et le K36 me trouve 12,66 % d'Italien, alors que sur MyHeritage pas du tout d'Italien...

hbelondra
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Dernière modification par hbelondra le 13 octobre 2019, 20:52, modifié 2 fois.

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