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Projet Genographic : l'histoire fascinante des origines de l'humanité

delangre
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Le projet Genographic est fascinant.

Après avoir participé à la première version il y a quelques années, je suis passé à la version 2.0 qui réélise une analyse complète du patrimoine génétique (pas seulement des lignés paternelles et maternelles directes), soit les 22 paires de chromosomes non sexuels (ou autosomes), avec la répartition en pourcentage du patrimoine génétique.

Résultats en ce qui me concerne (voir fichier joint que j'ai traduit d'après l'anglais) :

- descendants des premiers cro-magnons d'Europe arrivés sur le continent il y a  35.000 ans et qui étaient des chasseurs-cueilleurs, au Paléolithique supérieur, y rencontrant les Neandertaliens qui étaient là avant eux. (ils sont davantage représentés actuellement en Europe du Nord). 39% de mon patrimoine génétique.

- descendants des populations originaires du moyen-Orient (crroissant fertile) qui ont peuplé l'Europe à partir de la Méditerranée il y a 8.000 ans, apportant avec eux l'agriculture née au Proche et Moyen Orient 2.000 ans auparavant. 43% de mon patrimoine génétique. Cette composante est aujourd'hui davantage représentée en Europe du Sud.

- descendants des populations du sud-Ouest-asiatiques (entre la péninsule arabique et l'inde), liées au population du Moyen-Orient d'où est partie la migration méditerranéenne de l'Europe. 17% de mon patrimoine génétique (en Europe, selon les pays, cette composante est assez homogène : entre 16 et 20% généralement).

Egalement, des traces génétiques d'autres espèces d'hominidés que l'on a longtemps cru incompatibles génétiquement avec l'Homme moderne (Cro-magnon) : Neandertal (2,6% de mon patrimoine généritique) qui était en Europe avec Cro-Magnon, et dénisoviens (3,6% de mon ADN) race d'hominidés installée en Asie.
Pièces jointes
genographic_qui_suis-je.pdf
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cai000040
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Bonjour,

merci pour message sur le résultat de votre test avec le Genographic.
Vous donnez une des trois informations données par le test, celle qui concerne l'ensemble de vos ancêtres, entre vos deux lignées patrilinéaire et matrilinéaire.
Elle recouvre potentiellement des millions individus. Elle est donc une moyenne, elle se trouve proche de celle de nombreux ouest-européens, (dont je suis) :
41% méditerranéen, 39% nord-européen, 18% moyen-orient (south-west asia), 2% asie du nord-est. Et vous rappelez comment on arrivé là.
Bien qu'il ne concerne qu'un individu à chaque génération, vous pouvez vous intéresser à vos haplogroups mtDNA et Y.
Le mtDNA concerne votre lignée matrilinéaire. En Europe, elle n'est pas très significative, car comme ailleurs, les épouses ont été recherchées (trouvées?) ailleurs que dans le clan.
Par contre, le chromosome Y permet potentiellement de suivre les migrations en Europe.
Je vous recommande donc le site Eupedia :
http://www.eupedia.com/europe/european_y-dna_haplogroups.shtml

Comme vous disposez de votre haplogroup avec Genographic, vous pouvez identifier l'origine de votre lointain ancêtre masculin.
(attention, le classement des haplogroups a évolué avec la découverte de nouvelles mutations (les allèles) ces dernières années.)
En ce qui me concerne, j'appartiens au clan des pré-germaniques (I1) et je vous invite à lire la suite sur mon blog quand j'aurai eu le temps de le compléter avec mes dernières trouvailles.
http://michelgoyard.blogspot.fr/

N'hésitez pas à transférer vos données Genographic sur FTDNA (c'est gratuit mais en anglais) :
Onglet Your Story, en bas : The bigger picture, Transfer TO FTDNA (bien conserver le mot de passe et l'identifiant donné)
Cela vous permettra entre autres, de contacter le spécialiste de votre haplogroup et de voir avec lui si par hasard, vous appartenez à un sous-groupe rare voire non encore identifié.

Bonnes recherches !

delangre
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cai000040 a écrit :
23 décembre 2013, 15:11
Bonjour,

merci pour message sur le résultat de votre test avec le Genographic.
Vous donnez une des trois informations données par le test, celle qui concerne l'ensemble de vos ancêtres, entre vos deux lignées patrilinéaire et matrilinéaire.
Elle recouvre potentiellement des millions individus. Elle est donc une moyenne, elle se trouve proche de celle de nombreux ouest-européens, (dont je suis) :
41% méditerranéen, 39% nord-européen, 18% moyen-orient (south-west asia), 2% asie du nord-est. Et vous rappelez comment on arrivé là.
Bien qu'il ne concerne qu'un individu à chaque génération, vous pouvez vous intéresser à vos haplogroups mtDNA et Y.
Le mtDNA concerne votre lignée matrilinéaire. En Europe, elle n'est pas très significative, car comme ailleurs, les épouses ont été recherchées (trouvées?) ailleurs que dans le clan.
Par contre, le chromosome Y permet potentiellement de suivre les migrations en Europe.
Je vous recommande donc le site Eupedia :
http://www.eupedia.com/europe/european_y-dna_haplogroups.shtml

Comme vous disposez de votre haplogroup avec Genographic, vous pouvez identifier l'origine de votre lointain ancêtre masculin.
(attention, le classement des haplogroups a évolué avec la découverte de nouvelles mutations (les allèles) ces dernières années.)
En ce qui me concerne, j'appartiens au clan des pré-germaniques (I1) et je vous invite à lire la suite sur mon blog quand j'aurai eu le temps de le compléter avec mes dernières trouvailles.
http://michelgoyard.blogspot.fr/

N'hésitez pas à transférer vos données Genographic sur FTDNA (c'est gratuit mais en anglais) :
Onglet Your Story, en bas : The bigger picture, Transfer TO FTDNA (bien conserver le mot de passe et l'identifiant donné)
Cela vous permettra entre autres, de contacter le spécialiste de votre haplogroup et de voir avec lui si par hasard, vous appartenez à un sous-groupe rare voire non encore identifié.

Bonnes recherches !
Oui, j'ai fait dès le début le transfert sur FTDNA. Mon haplogroupe Y est SRY2627  (assez rare) et coté ADN Mt je suis H1 (très fréquent).

jerome4
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cai000040 a écrit :
23 décembre 2013, 15:11
Vous donnez une des trois informations données par le test, celle qui concerne l'ensemble de vos ancêtres, entre vos deux lignées patrilinéaire et matrilinéaire.
Elle recouvre potentiellement des millions individus. Elle est donc une moyenne, elle se trouve proche de celle de nombreux ouest-européens,
Bonsoir,
En fait je ne crois pas!
J'ai lu recemment un articile sur le wiki de l'Isogg: http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics où je cite:

"The recombinant DNA has a limit of breakdown, meaning we can not inherit DNA pieces from every biological ancestor. In other words only a small part of the biological ancestors can be detected in the DNA of an individual. Luke Jostins calculated that on average a human has no more then ca. 125 genetic ancestors from the same ancestral generation. This means that only up to the seventh ancestor generation (128 ancestors) segments of those ancestors are detectable in the personal DNA. Therefore it is important to identify Identical By Descent (IBD) segments versus Identical By State (IBS) segments. John Walden's research on IBD and IBS segments can be used as a guideline:[1]"
Traduction:
La recombinaison de l'ADN a une limite de la rupture, ce qui signifie que nous ne pouvons pas hériter des morceaux d'ADN de chaque ancêtre biologique. En d'autres termes seule une petite partie des ancêtres biologiques peut être détecté dans l'ADN d'un individu. Luc Jostins a calculé qu'en moyenne, un être humain n'a plus alors qu'environ 125 ancêtres génétiques de la même génération ancestrale.

Finallement c'est assez logique! Nous n'avons que 46 chromosomes, hérités entier par l'un des parents.
Il peut exister des "emjambements génétiques"  mais c'est loin d'être l'équivalent d'un mixeur!  :D
Deux frères peuvent avoir des résultats sensiblement différents car ils n'ont pas hérité de tous les mêmes chromosomes...

cai000040
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@jerome4 : Merci d'apporter des précisions sur ce qu'on peut attendre de l'ADN autosomal en matière de recherche de cousinage.
J'ai découvert la génétique récemment et je suis loin d'être devenu un spécialiste, mais je ne demande qu'à apprendre.
Ce que vous relevez, à savoir qu'on ne reçoit qu'une partie de l'ADN de ses ancêtres (donc de la difficulté de le comparer avec celui de ses cousins dans la recherche d'ancêtres communs) n'empêche pas n'importe lequel des millions (potentiels) d'ancêtres de notre ami généalogiste, de lui avoir légué une partie de son ADN. Et son ADN, décodé, de dévoiler le mélange de l'ADN des heureux élus et de leur origine géographique estimée.
Enfin si nous n'avons que 22 paires de chromosomes autosomal, nous recevons 3,2 milliards de nucléotides de chacun de nos parents.
Le Genographic 2.0 en analyse environ 125000 (SNP) pour la partie autosomale.

cai000040
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delangre a écrit :
04 janvier 2014, 18:40
cai000040 a écrit :
23 décembre 2013, 15:11
Oui, j'ai fait dès le début le transfert sur FTDNA. Mon haplogroupe Y est SRY2627  (assez rare) et coté ADN Mt je suis H1 (très fréquent).
Vous trouverez certainement intéressante la page d'Eupedia qui traite de l'haplogroupe R1b.
Un paragraphe concerne le DF27 auquel appartient le votre, M167/SRY2627
http://www.eupedia.com/europe/Haplogroup_R1b_Y-DNA.shtml#DF27
(à faire traduire par google en donnant l'adresse du site)
Vous saurez peut-être ce que faisait votre n-grand-père à l'age de bronze en Espagne.

M167/SRY2627 étant inclus dans le DF27, branche ibero-atlantique alias R1b1a2a1a2a dans le classement ISOGG :
http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpR.html
qui m'a permis de remonter dans l'arbre phylogénétique à DF27.

Pour H1, vous pouvez lire "Les Sept filles d'Eve" de Bryan Sykes bien romancé et qui a vu bien des avancées depuis sa rédaction, mais agréable à lire en français (voir Helena).

Bonne lecture !

jerome4
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Je découvre aussi, et j'essaie d'apprendre! ;)

Jusque là, je croyais naïvement, que vu le nombre élevé de gènes qu'on a, j'avais forcément une petite partie d'ADN de tous mes ancêtres que j'avais trouvé par la généalogie traditionnelle!

En fait non! Parce que la transmission des gènes se fait par chromosomes entiers, ou par des "grosses" portions de chromosomes

Certains ont fait des calculs, pour savoir de combien d'ancêtres génétiques à N génération on peut avoir.
http://www.genetic-inference.co.uk/blog/2009/11/how-many-ancestors-share-our-dna/
A la 10ème générations, seuls 10 à 12 % de mes ancêtres sont représentés dans mon génome, et je n'ai qu'une chance sur deux (à peu près), d'avoir tous mes 32 ancêtres de la 6ème génération!

D'un autre coté, on peut se dire aussi, que cela n'impacte pas trop sur des générations très anciennes (+ de 2 000 ans) car de toute manière, je descends des milliards de fois des ancêtres de mes ancêtres de la 6ème génération!


Cela n'enlève rien à l'intérêt de faire un test autosomal, mais pour mieux comprendre ce que représente les résultats des tests, je pense qu'il est important de comprendre...
cai000040 a écrit :
04 janvier 2014, 22:55
@jerome4 : Merci d'apporter des précisions sur ce qu'on peut attendre de l'ADN autosomal en matière de recherche de cousinage.
J'ai découvert la génétique récemment et je suis loin d'être devenu un spécialiste, mais je ne demande qu'à apprendre.
Ce que vous relevez, à savoir qu'on ne reçoit qu'une partie de l'ADN de ses ancêtres (donc de la difficulté de le comparer avec celui de ses cousins dans la recherche d'ancêtres communs) n'empêche pas n'importe lequel des millions (potentiels) d'ancêtres de notre ami généalogiste, de lui avoir légué une partie de son ADN. Et son ADN, décodé, de dévoiler le mélange de l'ADN des heureux élus et de leur origine géographique estimée.
Enfin si nous n'avons que 22 paires de chromosomes autosomal, nous recevons 3,2 milliards de nucléotides de chacun de nos parents.
Le Genographic 2.0 en analyse environ 125000 (SNP) pour la partie autosomale.

cai000040
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Très heureux d'échanger sur un sujet que je ne maitrise pas ! Et donc de m'avoir attiré l'attention sur l'abandon d'une partie des gènes des nos ancêtres à chaque génération.
mais le calcul proposé me parait trop simplificateur, voir en particulier un intervenant du dit forum qui signale que le taux de recombinaison est très variable suivant les zones des chromosomes, il renvoie vers une étude où est indiqué un taux 10 fois supérieur à la moyenne  de ~1 cM/Mb (~1%, ?) sur des segments de 3Mb dits hotspots. Qu'on ne soit pas encore capable d'y trouver la trace de tous nos ancêtres ne me désespère pas. Depuis 2009, date du dit forum, combien d'avancées ont été faites ? Mais il est clair qu'aujourd'hui, qu'entre faux positifs et cousins non-identifiés, la démonstration de la relation avec un descendant d'un ancêtre commun est plus qu’aléatoire.

Incidemment, c'est entre autre cette recombinaison qui assure notre diversité génétique, avantage majeur de la reproduction sexuée et de son brassage génétique. Autant ne pas la négliger.

Mais la démarche du Genographic est inverse, bien que non documentée sur le site, on la trouve sur Wikipedia : les marqueurs de type SNP, spécifiques à un nombre réduit de populations (43), donc transmis à 50% d'une génération à l'autre sont identifiés dans votre génome. La dilution à chaque génération n'opère pas, comme vous l'avez signalé, si les deux parents appartiennent à la même population, et à fortiori dans le cas des implexes.

J'ai relu ce que le Genographic donne comme information sur ses tests de l'ADN autosomal et je n'ai trouvé que les neuf régions et les 43 populations de référence. Aucune précision sur les marqueurs utilisés Néanmoins comme tout un chacun peut télécharger ses données brutes, les SNP correspondants sont connus. Cependant, la difficulté pour le non spécialiste est de les interpréter. De plus, chaque société de test en ayant fait son fond de commerce, elle ne documente pas sa méthode.
Je pense que c'est ainsi que, bien qu'ayant des % identiques avec les roumains dans les neuf régions identifiées par le Genographic, celui-ci m'a classé mi-toscan, mi-danois.

******** Mise à jour : on découvre par ailleurs ( voir sur les site gedmatch.com ou dodecad.blogspot.fr, comment les origines ethniques sont calculées : par approche statistique des SNP des populations de référence. Voir le fil de discussion ADMIXTURE********

Bien que le Genographic laisse planer le doute sur la possibilité de partager ses données avec des cousins généalogiques, ce n'est pas du tout sa vocation, vocation qui reste la génétique des populations. Mais pour cela, leur site est très bien fait, et fournit de précieuses informations servant de référence sur d'autres sites tel celui d'Eupedia.

cai000040
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Bonjour,
Désolé pour la publicité non rétribuée, mais le Genographic est une organisation à but non lucratif, donc l'honneur est sauf.
Ce ne sont pas les soldes d'été, mais la coïncidence est troublante : le Genographic 2.0 est à 160 $ (~ 120€) pour deux jours.
Cordialement

cai000040
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Bonjour,
le Genographic joue les prolongations de sa promotion.
Parallèlement, la présentation des résultats a changé, deux petits extraits joints.
Il est possible d'imprimer le détail de ses résultats en une dizaine de pages maintenant.
Cordialement

PS : traduction :

1. Les humains modernes ont commencé à quitter l'Afrique entre 60 000 et il ya 70000 années. Ils voyageaient en groupes, en prenant des chemins différents avant d'arriver à différentes destinations . Ces voyages peuvent être suivis via des "marqueurs" ADN qui forment l'arbre génétique humain. Sur la base de ces marqueurs individuels, chaque personne vivant aujourd'hui peut être affectée à un haplogroupe spécifique, qui identifie sa branche sur l'arbre.

2. Sur la base de leurs différentes destinations, les humains qui ont migré d'Afrique ont développé des affiliations régionales au fil du temps. Ces affiliations sont présentes dans les séquences d'ADN et sont visibles dans la variété des traits physiques humains. Les scientifiques ont identifié des individus typiques, génétiquement parlant, de différentes parties du monde et les ont définis comme "populations de référence." Les participants au projet Genographic sont affectés à la population de référence qui leur est la plus proche génétiquement. Le brassage important des populations au fil du temps, cependant, implique que la population de référence ne peut fournir qu'une estimation approximative de la diversité ancestrale d'un individu.

Pièces jointes
geno deep.jpg
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bigwidower
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Bonjour,

dans les premiers messages de ce fil, il est question de la possibilité de transfert des données de Genographic vers FTDNA. QUelqu'un sait-il si l'inverse (de FTDNA vers Genographic) est possible ?

merci d'avance
Cordialement,

Nathalie
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Fil de veille sur la généalogie italienne : Généal'Italie (Page Facebook)

cai000040
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Bonjour,
A ma connaissance, ce n'est pas prévu.
De fait les tests effectués ne sont que partiellement les mêmes et n'ont pas la obligatoirement même vocation.
Nota : FTDNA est le laboratoire qui effectue les tests du Genographic.
Cordialement

bigwidower
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merci pour cette réponse rapide.

et si j'osais, je m'essaierai à une question de novice :

La classification d'un échantillon d'ADN dans un haplogroupe mitochondrial donné correspond-elle à une réponse absolue (= l'ADN relève exclusivement de cet haplotype) ou à une réponse relative (l'ADN relève majoritairement de cet haplotype, mais son ADN est également apparenté, dans une moindre mesure, à un ou plusieurs autres haplotypes) ?

Cordialement,

Nathalie
Modératrice du forum "Italie"

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cai000040
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On a tous été novices un jour ... (pour autant qu'on ne le soit pas encore)
La classification est absolue, en particulier depuis qu'elle est basée sur les SNP.
Il me semble que l'on parle d'haplogroupe quand une mutation (SNP - allèle) a pu être affectée à une branche déjà établie. Et qu'on parle d'haplotypes pour des SNP dont on cherche encore à établir une hiérarchie alors qu'on pense qu'ils appartiennent à un haplogroupe donné. Et aussi de subclades.
Mais on finit par parler d'haplogroupe pour le classement terminal tel N1a1. (Et souvent on donne le nom du SNP final pour ne pas avoir à préciser la version de l'arbre ex : en Y : I-M253 au lieu de I1)
Pour l'ADN Mt voir : http://www.phylotree.org/tree/main.htm
Le désordre alphabétique s'explique justement par le repositionnement post affectation.
Exemple en Mt, H appartient à R.
Bon courage?

Au delà de l'aspect technique, vous serez peut-être intéressé par le site Eupedia :
http://www.eupedia.com/europe/Haplogroup_H_mtDNA.shtml#subclades
(j'ai choisi H statistiquement)

taillard3
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Bonsoir,

Oui quelques changements.
Le PDF à télécharger est toujours là (identique)
Pour moi, je pouvais déjà imprimer ... et l'on retrouve ce que l'on avait déjà avant

Voilà ce que j'obtiens dans la nouvelle présentation : en PJ

Ce qui m'intéresse aussi, c'est "our story", car il y a des résultats proches des miens avec histoire;
j'aimerais bien relater la mienne ...
Pensez-vous que la traduction français => anglais de Google soit correcte ?


Bonne soirée
M.Claire

Pièces jointes
geno results.PNG
geno results2.PNG
"L'homme a une grande puissance de parole, en majeure partie vaine et fausse. Les animaux en ont peu,
mais ce peu est utile et vrai et mieux vaut une chose petite et certaine, qu'un grand mensonge."
Léonard de Vinci .

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