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Données Brutes MyHeritage - Chromosome Y

treb15
male
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mac489zzz a écrit :
12 novembre 2018, 04:29
Bonjour, merci pour les données. Quel est le pourcentage de Z278 hors d’Espagne?. Ce groupe est également abondant chez les basques français?

Merci
https://www.nature.com/articles/s41598-017-07710-x
https://www.quora.com/Where-does-the-haplogroup-R-Z278-originate

pthobie
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treb15 a écrit :
10 novembre 2018, 11:42
Pour en revenir au cas (mac489zzz) présent, pour ma part et de par mon expérience, je confirme R-Z278 pour son Paternal Haplogroup.
L132.2 est un "faux positif" comme cela fût pour mon cas et d'autres rencontrés ;)
Je suis au regret de te contrarier, Treb15, l'attribution du Z278 plus que du L132.2 est un simple parti pris, rien ne permet à ce stade de confirmer ou d'infirmer au delà du P310, donc l'une ou l'autre des 2 voies restent possible en l'état.
Dire que l'un ou l'autre est un faux positif est impossible en l'état.
Comme Treb15 se propose, je vous invite tous massivement à lui faire vos demandes de travaux plutôt qu'à moi, et 'est gratuit. Merci pour votre compréhension, mon temps est précieux.
A+

pthobie
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cousinhub38 a écrit :
10 novembre 2018, 12:16
Bonjour !
Comment fait-on pour obtenir ce beau tableau, je n'ai pas trouvé sur isogg.org ?
Voici la liste de tes SNP positifs :
Merci d'avance, je sens que je vais progresser (lentement mais sûrement) !
Cousin Hub38, c'est assez simple pour qui veux bien se donner la peine...
Il faut en premier lieu constituer une base de données dite de référence, en copiant/collant les informations présentes sur les fichiers de référence 2018 de l'ISOGG, pour les haplogroupes de A à T, ici : https://isogg.org/tree/
Ensuite, tu constitue un petit programme à l'aide du langage informatique de ton choix, afin de comparer un à un les marqueurs Y présent dans ton fichier de raw-datas avec ceux de la base de référence.
Lorsqu'un marqueur est trouvé, il faut encore comparer le variant, c'est à dire la forme de ton génotype avec celle de la variation.
Exemple, si le marqueur est de la forme G pour toi, et que la base précise une variation de C vers G, alors tu le considérera comme positif, en outre si la base précise une variation de G vers C, alors il sera négatif et tu passera à la comparaison du marqueur suivant.
Comme ça prend un certains temps, voir un temps certain, c'est là l'intérêt de connaître quelques langages informatiques appropriés pour bâtir ton programme afin de gagner du temps, ressource de plus en plus rare de nos jours, et comme disent les anglo-saxons, Time is money.
Voilà, c'est aussi simple que cela.

cousinhub38
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Fectivement, ça a l'air hyper simple, je vais m'y atteler de suite, hi hi !
Merci pour les infos,
HP

treb15
male
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pthobie a écrit :
13 novembre 2018, 13:45
treb15 a écrit :
10 novembre 2018, 11:42
Pour en revenir au cas (mac489zzz) présent, pour ma part et de par mon expérience, je confirme R-Z278 pour son Paternal Haplogroup.
L132.2 est un "faux positif" comme cela fût pour mon cas et d'autres rencontrés ;)
Je suis au regret de te contrarier, Treb15, l'attribution du Z278 plus que du L132.2 est un simple parti pris, rien ne permet à ce stade de confirmer ou d'infirmer au delà du P310, donc l'une ou l'autre des 2 voies restent possible en l'état.
Dire que l'un ou l'autre est un faux positif est impossible en l'état.
Comme Treb15 se propose, je vous invite tous massivement à lui faire vos demandes de travaux plutôt qu'à moi, et 'est gratuit. Merci pour votre compréhension, mon temps est précieux.
A+

pthobie, pas de souci, chacun son point de vue à ce sujet.
Je suis d'accord avec toi sur le fait qu'en étudiant la positivité des SNP des données brutes, nous ne pouvons parler de certitudes mais néanmoins de part mon cas personnel et d'autres croisés à ce jour, je penche fortement pour mon choix ;)

:arrow: Ceci pour rappeler qu'étudier la positivité des SNP à partir des données brutes ne peut garantir un Paternal Haplogroup dit final mais seulement (le cheminement vers) le Paternal Haplogroup lisible via les SNP positifs et testé par la source des données brutes :!:
c.f. : https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=607616&p=1425753#p1425753

pthobie a écrit :
13 novembre 2018, 13:54
cousinhub38 a écrit :
10 novembre 2018, 12:16
Bonjour !
Comment fait-on pour obtenir ce beau tableau, je n'ai pas trouvé sur isogg.org ?
Voici la liste de tes SNP positifs :
Merci d'avance, je sens que je vais progresser (lentement mais sûrement) !

Cousin Hub38, c'est assez simple pour qui veux bien se donner la peine...
Il faut en premier lieu constituer une base de données dite de référence, en copiant/collant les informations présentes sur les fichiers de référence 2018 de l'ISOGG, pour les haplogroupes de A à T, ici : https://isogg.org/tree/
Ensuite, tu constitue un petit programme à l'aide du langage informatique de ton choix, afin de comparer un à un les marqueurs Y présent dans ton fichier de raw-datas avec ceux de la base de référence.
Lorsqu'un marqueur est trouvé, il faut encore comparer le variant, c'est à dire la forme de ton génotype avec celle de la variation.
Exemple, si le marqueur est de la forme G pour toi, et que la base précise une variation de C vers G, alors tu le considérera comme positif, en outre si la base précise une variation de G vers C, alors il sera négatif et tu passera à la comparaison du marqueur suivant.
Comme ça prend un certains temps, voir un temps certain, c'est là l'intérêt de connaître quelques langages informatiques appropriés pour bâtir ton programme afin de gagner du temps, ressource de plus en plus rare de nos jours, et comme disent les anglo-saxons, Time is money.
Voilà, c'est aussi simple que cela.

:arrow: Je propose ainsi gratuitement mon aide mais me réserve le droit de donner suite ou non...
Et bien évidement, toute autre personne peut comme très généreusement expliqué par pthobie, établir son propre petit programme et proposer aussi gratuitement son aide :D

cousinhub38
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Je suis à la recherche de volontaires "MyHeritage" qui pourraient me fournir le copier/coller des lignes Y présentes dans leur fichier de données brutes
Pour info, LivingDNA ne m'a pas donné la liste des rsid,
j'ai uniquement un fichier excel en format csv de marqueurs par ordre alphabétique, voici le début des 480 lignes :
A1366
A6549/Y16450
B181
BY13512/PH1911
BY2821
BY2829
BY5261/FGC14557
BY56
BY898/Y12060
BZ3013
CTS10006/L1257/M3375/PF3272
CTS10089/M3576/PF3038
CTS1010/PF2848
CTS1013/M3242/PF2849
CTS1029/M3456/PF2850
CTS10393/M3379/PF3041
CTS10449/M3381/PF3273
CTS10721/M3611
CTS10945/M3206
CTS11075/M795/PF6078
CTS11228/M3618
...

mac489zzz
male
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treb15 a écrit :
13 novembre 2018, 16:28
pthobie a écrit :
13 novembre 2018, 13:45
treb15 a écrit :
10 novembre 2018, 11:42
Pour en revenir au cas (mac489zzz) présent, pour ma part et de par mon expérience, je confirme R-Z278 pour son Paternal Haplogroup.
L132.2 est un "faux positif" comme cela fût pour mon cas et d'autres rencontrés ;)
Je suis au regret de te contrarier, Treb15, l'attribution du Z278 plus que du L132.2 est un simple parti pris, rien ne permet à ce stade de confirmer ou d'infirmer au delà du P310, donc l'une ou l'autre des 2 voies restent possible en l'état.
Dire que l'un ou l'autre est un faux positif est impossible en l'état.
Comme Treb15 se propose, je vous invite tous massivement à lui faire vos demandes de travaux plutôt qu'à moi, et 'est gratuit. Merci pour votre compréhension, mon temps est précieux.
A+

pthobie, pas de souci, chacun son point de vue à ce sujet.
Je suis d'accord avec toi sur le fait qu'en étudiant la positivité des SNP des données brutes, nous ne pouvons parler de certitudes mais néanmoins de part mon cas personnel et d'autres croisés à ce jour, je penche fortement pour mon choix ;)

:arrow: Ceci pour rappeler qu'étudier la positivité des SNP à partir des données brutes ne peut garantir un Paternal Haplogroup dit final mais seulement (le cheminement vers) le Paternal Haplogroup lisible via les SNP positifs et testé par la source des données brutes :!:
c.f. : https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=607616&p=1425753#p1425753

pthobie a écrit :
13 novembre 2018, 13:54
cousinhub38 a écrit :
10 novembre 2018, 12:16
Bonjour !
Comment fait-on pour obtenir ce beau tableau, je n'ai pas trouvé sur isogg.org ?


Merci d'avance, je sens que je vais progresser (lentement mais sûrement) !

Cousin Hub38, c'est assez simple pour qui veux bien se donner la peine...
Il faut en premier lieu constituer une base de données dite de référence, en copiant/collant les informations présentes sur les fichiers de référence 2018 de l'ISOGG, pour les haplogroupes de A à T, ici : https://isogg.org/tree/
Ensuite, tu constitue un petit programme à l'aide du langage informatique de ton choix, afin de comparer un à un les marqueurs Y présent dans ton fichier de raw-datas avec ceux de la base de référence.
Lorsqu'un marqueur est trouvé, il faut encore comparer le variant, c'est à dire la forme de ton génotype avec celle de la variation.
Exemple, si le marqueur est de la forme G pour toi, et que la base précise une variation de C vers G, alors tu le considérera comme positif, en outre si la base précise une variation de G vers C, alors il sera négatif et tu passera à la comparaison du marqueur suivant.
Comme ça prend un certains temps, voir un temps certain, c'est là l'intérêt de connaître quelques langages informatiques appropriés pour bâtir ton programme afin de gagner du temps, ressource de plus en plus rare de nos jours, et comme disent les anglo-saxons, Time is money.
Voilà, c'est aussi simple que cela.

:arrow: Je propose ainsi gratuitement mon aide mais me réserve le droit de donner suite ou non...
Et bien évidement, toute autre personne peut comme très généreusement expliqué par pthobie, établir son propre petit programme et proposer aussi gratuitement son aide :D
Mon ancêtre direct venait du Piémont, avec le nom de famille de cette région, Que sait-on de la L132.2 dans le nord de l'Italie

Merci

mac489zzz
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pthobie a écrit :
10 novembre 2018, 10:02
Ce qui est vrai pour le P310, mais faux pour le Z278, car il se trouve aussi le L132.2 qui mène sur une autre piste.
Comme je l'ai déjà dis, il est impossible de trancher après le P310, les 2 voies sont possible et l'absence d'autres marqueurs ne permet pas de trancher.
Je remarque cependant que ma démarche de formation n"a pas été vaine.
Une dernière question, R1b-CTS12074 est inférieur ou supérieur à R1b-Z278?.

treb15
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mac489zzz a écrit :
12 janvier 2019, 02:40
pthobie a écrit :
10 novembre 2018, 10:02
Ce qui est vrai pour le P310, mais faux pour le Z278, car il se trouve aussi le L132.2 qui mène sur une autre piste.
Comme je l'ai déjà dis, il est impossible de trancher après le P310, les 2 voies sont possible et l'absence d'autres marqueurs ne permet pas de trancher.
Je remarque cependant que ma démarche de formation n"a pas été vaine.
Une dernière question, R1b-CTS12074 est inférieur ou supérieur à R1b-Z278?.
Plutôt que vous donnez une réponse directe, voici une des démarches possible pour effectuer cette recherche :

1) allez sur https://yfull.com/search-snp-in-tree/
2) rechercher le SNP CTS12074
3) rechercher le SNP Z278
4) vous obtiendrez un "étonnant" résultat ;)

cousinhub38
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Etonnant également : à qq lignes plus bas, à Y-19591, il y a un TMRCA de 150 ybp !
Soit vers 1870.

fifilangelez
fifilangelez
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Bonjour,

Vos échanges sont très techniques et je n'y comprends pas grand chose :shock: :shock: :shock: :shock:
Enfin, je me donne du mal mais probablement qu'il faut que ça infuse :lol:

J'ai fait récemment un test chez Myeritage et ils ne donnent pas l''haplogroupe. Il y existe un moyen de le connaitre via les données brutes ?

pthobie
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Bonjour fifilangelez,
Malheureusement non, Chez MyHeritage, comme vous êtes une femme, l'analyse de l'ADN mitochondrial n'est pas effectué et ne figure pas dans vos données brutes, vous n'y trouverez que l'autosome et vos 2 X.
Pour les hommes, cependant, les données brutes contiennent 489 marqueurs Y qui peuvent faire l'objet d'une étude pour déterminer l'haplogroupe Y le plus probable.

fifilangelez
fifilangelez
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Bonjour Pthobie,
Merci pour votre message.
Mais papa a fait le test aussi !! Donc on peut le connaitre ?

treb15
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fifilangelez a écrit :
13 janvier 2019, 11:51
Bonjour,

Vos échanges sont très techniques et je n'y comprends pas grand chose :shock: :shock: :shock: :shock:
Enfin, je me donne du mal mais probablement qu'il faut que ça infuse :lol:

J'ai fait récemment un test chez Myeritage et ils ne donnent pas l''haplogroupe. Il y existe un moyen de le connaitre via les données brutes ?
fifilangelez a écrit :
13 janvier 2019, 12:18
Bonjour Pthobie,
Merci pour votre message.
Mais papa a fait le test aussi !! Donc on peut le connaitre ?
Bonjour,

Effectivement, si votre papa a aussi effectué un test ADN chez MyHeritage, en fournissant vos données brutes en privé, avec un petit programme maison, je suis en mesure de vous indiquez (le cheminement vers) le Paternal Haplogroup de votre père et donc à priori le votre par la même occasion ;)

P.-S. : Il suffit de m'envoyer vos lignes de données brutes via "Envoyer un message" de ma page-contact.


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